第十一条 退税管理部门对出口企业申报退（免）税的报关单、核销单等纸制凭证审核有疑点的；对出口货物的货源地、征税情况、供货企业经营状况等有疑问的；应按规定进行发函调查，未回函或回函有问题的，一律不予审核认可。
对于收到的外地税务部门来函核实有关出口货物征退税情况的，退税管理部门应及时转征税管理部门调查落实，征税管理部门应按规定时限及时进行调查核实，并按函调规定出具复函文书反馈退税管理部门，退税管理部门审核无误后及时予以复函。
第十二条 小规模纳税人当月出口货物财务上做销售后，应于次月10日前持有关资料向退税管理部门办理免税申报的确认，经审核签批后，持签批的免税申报表向征税部门办理增值税免税申报。未经审核批准的，征税部门不得办理免税申报。
小规模纳税人出口货物免税申报后，应按规定期限办理免税核销，未按规定办理免税核销的，由退税管理部门通知征税管理部门予以征税，并将征税情况反馈退税管理部门。
第十三条 从事进料加工业务的生产企业，应于取得海关核发的《进料加工登记手册》后的下一个增值税纳税申报期内向主管退税管理部门办理《生产企业进料加工登记申报表》；于发生进口料件的当月向主管退税管理部门申报办理《生产企业进料加工进口料件申报明细表》；并于取得主管海关核销证明后的下一个增值税纳税申报期内向主管税务机关申报办理核销手续。逾期未申报办理的，税务机关在比照《
中华人民共和国税收征收管理法》第
六十二条有关规定进行处罚后再办理相关手续。对按规定应办理出口货物进料加工免税证明而未办理的，退税管理部门应通知征税管理部门对该项出口业务视同内销征税。征税部门应及时将征税情况反馈出口退税管理部门。
第十四条 出口企业以“来料加工”贸易方式免税进口原材料、零部件后，在开始复出口货物之前，凭海关核签的来料加工进口货物报关单和《来料加工登记手册》等，向主管税务机关退税部门办理《来料加工贸易免税证明》，并在开始执行来料加工合同出口货物后的次月增值税、消费税纳税申报期内，持此证明向征税部门申报办理免征其加工或委托加工货物及其工缴费的增值税、消费税。出口企业应当在来料加工合同执行完毕，并到海关办理来料加工合同核销手续后凭有关资料向主管税务机关退税部门办理免税核销手续。征税部门应在企业出口合同执行完后核查企业相应出口货物所耗用国内辅料的进项税额是否已按规定作进项税转出。未按规定开具《来料加工贸易免税证明》的，以及虽然开具了免税证明但未在规定期限内及时办理免税核销的，由退税部门通知征税部门负责对出口企业的该批货物进行征税，并将征税情况反馈退税管理部门。
