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自治区编办的主要任务：会同自治区教育、财政部门对“两基”巩固提高阶段中的教职工编制进行测算，对各地编制需求进行分析及年度微调，提出两年适当调整的规划要求；配合自治区教育部门拟制建立中小学教职工编制使用情况例行检查的工作计划；拟制从编制分配、管理、调配等方面化解代课人员问题的工作计划，确保在岗在编、严格控制编外用人。
自治区财政厅的主要任务：会同自治区教育部门对我区义务教育巩固提高阶段的经费需求进行测算，提出各级财政分担责任的意见和建议，并负责落实自治区本级应承担的资金；加强监督检查工作，督促各地依法确保教育经费达到“三个增长”；确保各地农村义务教育经费保障机制改革各项政策落到实处，确保农村税费改革专项转移支付按规定比例足额用于农村义务教育；按照中央和自治区的要求，采取“以奖代补”的方式帮助各地偿还“普九”欠债；完善制度建设，规范和加强教育经费管理，确保专款专用。
自治区人事厅的主要任务：深化人事制度改革，推行教职工聘用制度，探索新的教师补充机制，切实加强教师队伍建设；配合自治区教育部门制订进一步加强中小学教师队伍建设的政策措施；配合自治区编制部门对贯彻中小学定编及使用情况进行检查、提出解决问题的措施和办法；配合自治区教育厅制订化解代课人员问题的方案和计划；配合自治区财政、教育等部门逐步改善中小学教师待遇，确保中小学教师平均工资水平不低于当地公务员的平均水平。
自治区建设厅的主要任务：就全区中小学校舍建设质量和安全、危房鉴别、施工管理等工作进行监督和指导，对危房改造工作提出具体的意见和建议；对学校建设项目的优惠政策，提高资金使用效益等提出建议。
自治区审计厅的主要任务：对各县完成“两基”巩固提高计划评估复查验收前3年的义务教育阶段教育经费审计做出安排，明确审计要点，制订实施方案。
自治区监察厅的主要任务：对各级各部门履行教育工作职责的情况进行监督；对学校收费情况进行检查，制止乱收费行为；对中小学校建设项目的资金投入使用情况和工程质量进行监督。
自治区扶贫办的主要任务：积极筹措资金支持农村义务教育，并组织实施；对引进国内外帮扶资金用一部分帮扶贫困地区义务教育的有关事宜进行评估和测算。
自治区西部开发办的主要任务：对全区“两基”巩固提高工作实施情况进行抽样调查、综合分析，提出强化“两基”巩固提高的工作重点；积极争取通过国家开发项目帮扶我区贫困地区“两基”巩固提高工作。
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