按照分级负责的原则，项目法人在主体工程招标工作完成并与施工、监理承包单位签订合同后，应向有监督管理权的水行政主管部门申请办理工程质量监督手续，并接受工程质量监督机构的监督。
有关部门要加强对小水电开发市场主体的资质管理，规范市场主体行为。进入小水电开发市场的业主及勘测、设计、咨询、施工、监理和设备制造商等各类主体，必须具有相应的资质，并按国家有关规定开展与其资质等级和经营范围相符的业务。严禁设计单位无证勘测设计、越级勘测设计，严禁无资质监理或不规范的联合监理，严禁施工单位出让或转让资质，严禁非法转包或分包工程。
（三）严格工程验收管理。
小水电开发建设项目，必须按规定组织验收，未经验收或验收不合格的工程，不得投入使用。
小水电开发建设项目的验收包括阶段验收、专项验收和竣工验收。各阶段验收按以下分工进行：工程蓄水验收由项目法人与水行政主管部门共同组织；机组启动验收由项目法人会同接入电网经营管理单位共同组织，水行政主管部门参加；其他专项验收按相应的规程规范，由相关部门负责组织。政府投资为主的小水电开发项目的竣工验收，按国家有关规定办理；不使用政府投资的小型水电站项目竣工验收，由水行政主管部门负责组织。
严格做好小水电水库大坝蓄水安全鉴定工作。小水电水库蓄水前的大坝安全鉴定由项目法人委托有资质的单位进行，鉴定结果报水行政主管部门备案。
四、强化小水电工程运行安全管理
小水电工程运行涉及防洪和人民生命财产安全，必须切实加强运行管理，确保运行安全。
（一）加强小水电站防洪安全管理。
已建成投产的小水电站，应制定汛期调度运用计划和防御洪水方案，并报有管理权的防汛指挥机构审批，列入自治区管理的大中型水库还需报自治区防汛办及主管部门备案。水库的防汛调度权限按水库防汛影响范围确定，由相应的防汛指挥机构调度。电站运行管理必须遵循发电服从生态安全、防洪安全、供水安全的调度原则。
（二）加强小水电站工程安全管理。
大坝实行定期安全鉴定制度，水行政主管部门对本行政区域内所辖的大坝安全鉴定工作实施监督管理，并监督电站业主依法建立健全小水电站工程安全管理制度以及责令其采取措施消除安全隐患。各有关部门和电站运营单位必须采取有力措施确保小水电站自身安全和河道行洪安全。对存在安全隐患且拒不整改或整改不到位的，水行政主管部门应吊销其取水许可证，并有权限制其取水，直至禁止其取水。
