各级水行政主管部门是我区水能资源和小水电的主管部门，负责水能资源规划编制、开发利用，负责小水电开发项目前期勘测设计各阶段的技术审查和建设施工技术审查（批）、建设监管、竣工验收、运行过程监督管理；发展改革部门负责制定小水电开发利用中长期总量目标，负责小水电开发项目的审批（核准）；环境保护行政主管部门负责小水电开发项目环境影响评价审批和工程区域内环境保护的监管；安全生产监督行政主管部门负责小水电开发项目建设过程中和投入运行后的安全监管；电力行政主管部门、国土资源、建设（规划）、移民、物价、林业、电监等相关行政主管部门在各自职责范围内负责有关管理工作。主持和参与水能资源开发利用、小水电开发项目审查、审批（核准）、建设监管和验收的单位要对其审核或批准事项承担相应责任。
二、加强水能资源的统一管理
水能资源是国家优先发展的可再生清洁能源，各级人民政府和水行政主管部门要按照《
中华人民共和国可再生能源法》的规定，对水能资源进行统一管理，使水能资源管理进入依法、规范、有效管理的轨道，促进水能资源科学开发利用。
（一）加强水能资源开发规划管理。
水能资源开发必须严格按规划实施。自治区水行政主管部门要尽快组织编制《广西中小水电水能资源开发规划》，经自治区发展改革部门组织有关部门和专家论证后，报自治区人民政府审批。《广西中小水电水能资源开发规划》经批准后，必须严格执行。实施过程中确需重大调整或修改的，应按程序报原审批机关批准。在编制《广西中小水电水能资源开发规划》时，应根据《
中华人民共和国环境影响评价法》和国务院有关规定编制规划环境影响报告书，并由自治区环境保护行政主管部门组织审查。未纳入《广西中小水电水能资源开发规划》的水电站开发项目，任何部门不得审批（核准）。
（二）加强水能资源开发利用管理。
凡在我区境内开发利用水能资源的单位、企业和个人，必须先到水行政主管部门办理水能资源开发利用手续，方可进行开发建设。
水能资源开发利用管理实行自治区、市、县分级管理（中央管理河流的水能资源开发管理按国家有关规定执行），具体管理权限如下：自治区水行政主管部门与自治区发展改革委负责5万kW＜装机容量＜25万kW的水电站水能资源管理；自治区水行政主管部门负责4000kW≤装机容量≤5万kW的水电站水能资源管理；地级市水行政主管部门负责1000kW≤装机容量＜4000kW的水电站水能资源管理，并报自治区水行政主管部门备案；县（市、区）水行政主管部门负责装机容量＜1000kW的水电站水能资源管理，并报所在市和自治区水行政主管部门备案。
