（一）家庭账户基金使用。家庭账户基金主要用于支付门诊医疗费用，节余资金可以结转到下一年度使用。参合农民在所在地的定点乡（镇）卫生院、村卫生室和社区卫生服务机构就诊，凭合作医疗证在当地定点卫生院、村卫生室和社区卫生服务机构核销。
（二）住院医药费补偿。参合农民因病住院治疗，按比例分级报销，一年内每人住院报销最高限额为20000元。
（三）设立住院医药费补偿起付线。设定起付线的原则是定点乡镇卫生院和社区卫生服务中心最低，为50～70元。有条件的县（市）区可在定点乡镇卫生院试行住院“零起付线”报销；定点二级医院次高，为250元；定点三级医院较高，为500元；非定点医疗机构最高，为700元。
各县（市）区可根据辖区实际，进行适度调整。
（四）住院医药费补偿的报销比例
1、乡镇卫生院、社区卫生服务中心定点机构报销比例
起付线以上，报销70～75％。
2、二级定点医疗机构报销比例
起付线以上，报销60～65％。
3、三级定点医疗机构报销比例
起付线以上，报销30～35％。
4、非定点医疗机构报销比例
起付线以上，报销15～20%。
各县（市）区可根据本地住院医药费补偿比例的测算结果，进行适度调整。
七、运行管理
（一）医疗服务管理。要进一步加强农村卫生服务网络建设，强化对农村卫生机构的行业管理，积极推进农村卫生服务体制改革，不断提高卫生服务能力和水平，使农民享受到基本医疗服务。规范医疗卫生机构用药行为，严格药品“三统一”政策和收费标准，规范新型农村合作医疗用药目录，加强药品购销监管，保证农民放心吃药，药不加价。加强对定点医疗机构的监督管理，控制医疗费用不合理增长。对违反相关规定发生的费用不予报销，由定点医疗机构承担。对严重违反合作医疗规定的，视情节取消定点医疗机构资格或者追究有关领导和当事人的责任。
（二）报销程序。参合农民在乡（镇）、村定点医疗机构就诊，可先由定点医疗机构初审并垫付报销费用，然后由定点医疗机构每月底到县（市）区新型农村合作医疗管理中心核销；在县级以上医疗机构住院，凭合作医疗证、户口本、医疗费用结算凭据直接到合作医疗管理中心报销。
