疾病控制和妇幼保健等公共卫生事业机构承担公共卫生服务职能，所需经费由同级财政预算安排。人员经费按核定的编制内实有人数和国家规定的工资、政策性津贴、补贴、福利费标准核拨；职工养老金、医疗保险金、失业保险金等单位应缴费部分由财政预算安排；公用经费按财政预算定额核拨，其预算定额根据公共卫生事业机构的工作职责、承担的工作任务等科学核定；业务经费按服务人口、服务面积、疾病流行状况和趋势等科学核定。州本级和各县市安排的救灾款要有5%以上用于灾后防疫防病和突发公共卫生事件应急处置，每年安排6至10万元疾病控制专项经费，10万元艾滋病防治经费，10万元妇幼“降消”经费，足额配套结核病、麻风病防治经费，足额保障计划免疫工作经费。
乡镇卫生院承担所在乡镇的公共卫生管理职能，是公共卫生体系的重要组成部分，所需经费由同级财政予以安排，实行定额补助。乡镇卫生院公共卫生服务与管理人员经费按照国家规定的工资、政策性津贴补贴、福利费标准核拨，职工养老金、医疗保险金、失业保险金等单位应缴费部分由财政全额予以安排，业务专项经费可根据所在乡镇服务人口与服务面积综合测定，实行定额补助。除公共卫生服务与管理人员之外的其他人员所需经费按照州政办发〔2006〕15号文件核定的编制内实有人数和国家规定的工资、政策性津贴、补贴、福利费标准的80%予以预算安排，职工养老金、医疗保险金、失业保险金单位应缴纳部分由财政全额予以补助。各县市每年要安排一定的农村公共卫生专项经费，主要用于农村突发公共卫生事件处置和疫情网络直报，同时，每年安排一定的农村卫生建设专项资金，重点对农村卫生基础设施建设、设备购置和人才培训给予补助。
州、县市政府举办的县以上医疗机构所需经费由同级财政予以安排，对于医疗机构的大型房屋修缮、符合区域卫生规划的大型设备购置、重点学科建设、执行政府指令性任务抢救突发性事件等所需医疗费用以及无主病人人道主义救助发生的医疗欠费、职工养老金、医疗保险金、失业保险金等单位应缴纳部分，要重点予以安排。
三、落实有关税费政策
认真贯彻执行财政部、国家税务总局《关于认真落实医疗机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）文件精神，把国家制定的各项税收优惠政策落到实处。同时，要根据《中共湖南省委湖南省人民政府关于加强农村卫生工作的决定》（湘发〔2003〕3号）精神，对疾病控制、卫生监督、妇幼保健等公共卫生机构和非营利性医疗机构的收入，免征地方政府性基金，禁止在法律和国家规定之外向农村医疗卫生机构征收任何税费。
