（六）保护目标
到2012年，基本建立生物多样性保护体系，保护能力得到加强，保护区面积达到区域总面积的13％左右，森林覆盖率达到60％左右，18个县（市、区）主要城镇配套污水处理厂和垃圾填埋场均建成并投入使用，污水集中处理率达到70％以上，5个州市跨界地表水断面水质达到水环境功能规定的水质要求，二氧化硫、化学需氧量两个主要污染物总量指标必须控制在省政府下达的总量指标之内。生态敏感区和脆弱区得到有效保护，重要物种得到优先保护，生物多样性损失进一步降低，原始和典型的生态系统得到良好维护。公众的生物多样性保护意识得到普遍提高。
到2020年，形成结构科学、布局合理、功能完备、管理高效的生物多样性保护体系，所有珍稀濒危动植物和典型生态系统类型、绝大多数特有物种得到有效保护。公众的生物多样性保护意识和参与程度明显增强，区域内经济社会与生态环境协调发展，生物多样性可持续利用能力明显提高。
（七）处理好四个关系
--保护优先与合理利用。在保护中开发，在开发中实现更好的保护，牢牢把握开发利用的底线和保护的红线，坚持在保护优先的前提下合理有序地开发利用生物资源。以生态修复扩大环境容量，以污染防治改善生态环境，重点防范不合理的开发活动对生态环境和自然景观的破坏，以良好生态环境支撑经济社会发展。
--统筹协调与突出重点。把生物多样性保护纳入经济社会可持续发展的总体框架，统筹协调保护与开发中地区之间、部门之间、保护区与周边社区之间的关系，建立高效的管理体制和合理的生态补偿机制。对重要生态功能区、珍稀濒危物种、特有物种实施重点保护。
--科学规划与分类指导。制定科学合理的保护规划，引导调整经济布局，指导资源的有效保护和有序开发。按照资源禀赋和环境承载能力，做好生态功能区划，针对不同资源的特性和敏感度，对各地区的保护与发展实行分类指导。
--政府主导与社会参与。强化投入和引导，确保政府对生物多样性保护的统一管理。增强决策透明度和公众参与度，充分发挥企事业单位、民间组织、社区志愿者和当地群众的积极性和主动性，广泛争取国内外的支持，形成全社会参与生物多样性保护的良好格局。
（八）保护重点
重点保护生物物种多样性、生物基因多样性和生态系统多样性。完善就地保护、近地保护、迁地保护、离体保护相结合的生物多样性保护体系和保护网络，防止生态环境破坏、物种绝迹和生态功能退化。以各类保护区、保护地、国家公园、风景名胜区为载体，按照《国家重点保护野生植物名录》、《
国家重点保护野生动物名录》，对滇西北有分布的物种给予重点保护。对尚未纳入重点保护名录的濒危珍稀野生生物也要严格保护。
