供水管理处内设1个科，1个中心，即：供水科、水调中心。
⒐科技文化处
科技文化处为专业性处室，承担市水务局的科技教育职能和河灌总局科技教育及河套水利文化建设。其主要职责是：负责编制水利科技教育发展规划并组织实施；组织、协调重大水利科技项目攻关和技术推广工作；协同有关部门负责水利行业技术标准、规程、规范和监督实施工作，负责水利行业职工的业务教育培训和农牧民水利科技培训工作；负责河套水利文化的挖掘、整理、研究、弘扬、建设和水利文化产业发展工作。
科技文化处内设1个科，即：科教文化科。
⒑监察审计处
主要承担市水务局系统和河套灌区的纪检监察审计工作，其主要职责是：负责河灌总局系统纪检、监察审计工作，对党员、干部进行廉政建设和党纪政纪教育，审查和处理党组织和党员个人违纪案件，审查和处理行政干部违反政纪的案件。负责对河灌总局系统财务管理情况、固定资产管理、折旧费的管理、水利基建投资运行等情况的内部审计监督。
监察审计处内设1个科，即：监察审计科。
⒒工会
工会为专业性处室，主要承担市水务局系统和河灌总局系统的工会和群团工作。其主要职责是：负责宣传和贯彻《
工会法》，维护职工的合法权益。负责共青团、妇女等群团工作；负责全系统的计划生育工作。
总局团委设在工会：负责全系统共青团的组织建设和管理工作。
㈢人员编制
核定巴彦淖尔市水务局和内蒙古河套灌区管理总局事业编制156个（其中市水务局事业编制31个，河灌总局事业编制125个），其中局长1名（副厅级）、书记1名（副厅级）、副书记、副局长、纪检委书记共5名（正处级），内设处级领导职数26名（11正15副，11正中包括总工程师1名）。科级领导职数28名（正科级）。
㈣人员结构
管理人员80人，专业技术人员68人，工勤技能人员8人。
㈤经费来源
经费实行全额拨款。
三、巴彦淖尔市水务局所属事业单位
㈠巴彦淖尔市水政监察支队
巴彦淖尔市水政监察支队隶属巴彦淖尔市水务局，与水政资源处合署办公。负责全市水政监察和水行政执法工作，协调处理旗县区和部门间的水事纠纷，负责全市水资源费统一征收；负责指导水保、水质、水文、河道水政执法工作。
⒈内设机构及下属单位
根据以上职责，内设1个直属大队，下设7个旗县区水政监察大队，均为相当科级事业单位。7个旗县区水政监察大队名称除临河区前面冠“巴彦淖尔市”外，其它统一为“XX旗县区水政监察大队”。
2、人员编制
直属大队人员编制不另核定，所需编制从河灌总局机关编制内调剂。核定直属大队科级领导职数2名（1正1副）。
七个旗县区水政监察大队共核定事业编制56个。其中巴彦淖尔市临河区水政监察大队核定事业编制10个，乌拉特前旗水政监察大队、杭锦后旗水政监察大队、磴口县水政监察大队、乌拉特中旗水政监察大队各核定事业编制8个，乌拉特后旗水政监察大队、五原县水政监察大队分别核定事业编制7个。每个大队各核定科级领导职数2名（1正1副）。
⒊经费来源
经费实行全额拨款。
㈡巴彦淖尔市水文勘测局
巴彦淖尔市水文勘测局隶属市水务局，其主要职责是：贯彻落实《
水文条例》，负责全市范围内水文站网规划、建设与管理，水文勘测、监测、预报、情报，水资源、水环境监测评价，降水、地表水、地下水资料收集、整理、保管与使用，为全市水资源开发利用、防汛抗旱、水工程建设与管理积累水文资料提供决策依据，为经济建设和社会发展提供服务。
