工程建设管理处内设3个科，即：工程建设科、工程管理科、质量监督科（对外为水利水电建设工程质量监督站）。
⒌行业管理规划处
行业管理规划处为水务局的综合性处室，其主要职责：根据国家水利发展政策，协调相关处室编制全市水利中长期发展规划，编制全市大中型水利工程项目的中长期发展规划；编制农田草牧场水利建设规划和节约用水规划；编制全市水资源开发利用节约保护综合性规划，编制农业、工业、城镇、生态中长期供用水规划；编制全市城市供水、排水、污水处理、中水回用和再生水利用规划；指导编制全市安全饮水中长期发展规划；负责涉水行业企业管理工作，组织指导实施水利行业的技术规范和制定技术标准；负责农村牧区水电建设管理工作；组织拟定区域与行业用水定额和监督管理工作；负责新型节水器具的推广利用和行业管理工作；负责农业和非农业供水水价的测定，提出供水价格的意见；负责特许经营的审批及管理；指导水务管理工作。
行业管理规划处内设1个科，即：管理规划科。
⒍水政水资源处（巴彦淖尔市水政监察支队）
巴彦淖尔市水政监察支队和水政水资源处合署办公，两块牌子一套人员。
水政水资源处为水务局专业性处室，其主要职能是：贯彻执行国家、自治区水利工作方针、政策和法律法规；草拟全市水利行业的有关政策和管理办法并监督实施；负责水务局规范性文件的审查、备案、清理和答复工作；参与制定与水有关的地方性法规文件的起草和协调工作；组织参与本地区水利政策研究制定工作；负责《
水法》、《
水土保持法》、《
防洪法》、《水资源管理和取水许可条例》和《
水文条例》的宣传贯彻执行，负责普法宣传教育工作，并对有关法律法规的执行情况依法实施监督检查；承办水务局行政复议、行政诉讼、民事诉讼和法律顾问工作；负责水政监察和水行政执法工作，协调旗县区和部门间的水事纠纷。承担市水务局水资源管理工作。负责承办水资源统一配置、节约、管理、保护工作；负责全市水资源审批、取水许可证发放和水资源费的统一征收；组织指导水功能区划分和向饮水区等水域排污的控制，监测河湖库渠的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；负责指导全市水质监察和水生态保护工作；指导全市计划用水、节约用水和城市供水水源规划、管理、保护；组织全市用水统计工作，负责发布水资源公报。
水政水资源处下设1个科即：水政水资源科。
⒎农牧处
负责全市农村牧区农田草牧场水利基本建设管理工作。其主要职责是：贯彻执行国家关于全市农田草牧场水利工作的方针政策、规范和标准，组织指导全市农村牧区农田草牧场水利基本建设；负责农村牧区农田水利基本建设项目的立项、审核、报批和监管工作；负责农村牧区节水社会化服务体系建设；指导全市农田草牧场水利工程管理制度改革；负责指导全市水土保持工作；负责组织指导实施全市水源性地方病工程设施、农村牧区供水和饮水安全工程建设管理工作；负责组织指导实施全市水库移民工作。
农牧处下设2个科，即：农田基本建设科、山旱牧区科。
⒏供水管理处
供水管理处为专业性处室，承担全市的各类供水和河套灌区的农业灌溉供水任务。其主要职责是：负责全市城乡供水的管理工作；制定全市城乡年度用水计划、水量分配方案；协调旗县区和部门间的水量分配；负责全市水量调度和排水调度、测流量水，指导全市水文工作；会同有关部门制定中长期用水计划；指导群管工程规划、建设、管理；指导用水户参与管理和科学用水。
