⒑指导全市农村牧区水利工作；组织协调全市农田、草牧场水利基本建设、水源性地方病工程设施的建设和管理，人畜饮水工程建设，农村牧区水电电气化建设和苏木镇供水工作。
⒒组织全市水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。
⒓指导全市水利队伍建设，组织水利科技推广工作。
⒔承担巴彦淖尔市防凌防汛指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全市防凌防汛防洪抗旱工作，对黄河和重要水利工程实施防汛抗旱调度。
⒕指导全市涉水企业的行业管理；监督实施国家水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范。提出水利建设基金的安排使用计划；负责水利安全生产工作；负责农村牧区水电建设及水源性地方病工程设施的建设与管理工作；负责库区移民工作。
⒖承办巴彦淖尔市政府和上级水利部门交办的其他事项。
㈢内设机构、领导职数
根据上述职责，结合巴彦淖尔市水务局与河套灌区管理总局合署办公的实际，市水务局不单独设置内设机构和核定领导职数。相关职能由河套灌区管理总局相关处室承担。
巴彦淖尔市水务局的局长、副局长同时兼任内蒙古河套灌区管理总局的局长、副局长。行政管理和行政执法职能以巴彦淖尔市水务局法定职能职责行使，并承担相应义务。
二、内蒙古河套灌区管理总局
内蒙古河套灌区管理总局是河套灌区的管理部门。其主要职能职责是：负责河套灌区的规划、建设，工程、灌排管理，水价测定、申报等各项建设管理工作；负责领导和管理各灌域管理局机构、工程管理机构和系统内各水管事业机构。
㈠机构规格
内蒙古河套灌区管理总局为相当副厅级事业单位。
㈡内设机构及职责
根据上述职责，内设11个处级机构和28个处辖科级机构。
⒈办公室
办公室为综合性处室，承担市水务局和河灌总局的综合协调服务工作。其主要职责是：协助局领导处理机关日常工作，对局机关政务、党务工作进行综合协调。负责会议的组织、综合材料的起草和机关文秘、档案、财务、保卫、保密、宣传、调研、信息、信访、督查、规章制度建设等工作。
办公室内设7个科即：文书科、宣传秘书科、政务督查科、后勤财务科、信息办、档案室、车队。
⒉组织人事处
组织人事处为综合性处室，承担市水务局系统和河灌总局的组织人事管理工作。其主要职责是：负责管理全系统党的基层组织建设、机构编制、人事、干部管理考核任命、专业技术职务评聘、劳动工资、人才管理和交流、机关老干部等工作，贯彻落实《
劳动法》，指导水利系统劳动保护、安全生产和职工队伍建设等工作。
组织人事处内设7个科：即：组织科、干部科、调配科、人才交流科、职称培训科、劳动工资科、老干部科。
⒊计划财务处
计划财务处为综合性处室，承担市水务局和河灌总局的计划财务工作。其主要职责是：负责全市水利资金的计划、管理、使用，编制水利年度计划，负责指导全市水利行业多种经营和财务、统计工作；负责局管各类资金的计划、分配与监督检查，负责水费的核定、计收、管理，负责全系统的国有资产管理和水务国有资产的监管；提出水利建设基金的安排使用计划。
计划财务处内设2个科，即：计划财务科、基建科。
⒋工程建设管理处
工程建设管理处为专业性处室，承担市水务局和河套灌区的工程建设管理工作。其主要职责是：组织实施全市大中型水利工程项目的年度计划；组织协调水利开发工作；负责全市大中型水利工程项目前期的立项审核及报批工作；负责水利工程的安全管理、综合治理和开发；组织具有控制性或跨旗县区的全市重点水利工程建设和验收；负责组织指导全市水利工程安全运行和建设的质量管理，建立质量管理体系；组织指导全市水库、塘坝等重点水利工程的监管和安全生产；负责对河套灌区国管水利工程建设的规划、设计、招投标管理和验收；负责指导实施水利工程的确权划界工作。
