（一）企业问题
1.操作问题
操作问题包括：销售方已申报但漏采集；购买方已认证但未申报抵扣；购买方票面信息采集错误；其他操作问题。
2.一般性违规问题
一般性违规包括：销售方违规作废；购买方未按规定取得；购买方未按规定抵扣；其他违规。
3.涉嫌偷骗税问题
涉嫌偷骗税问题包括：涉嫌偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税以及其他需要立案查处的税收违法行为；涉嫌增值税专用发票和其他发票违法犯罪行为；需要进行全面系统的税务检查的。
（二）国税机关操作问题或技术问题。
第二十八条 经区县主管局长批准，基层管理部门对审核检查结果分别进行处理：
（一）属于“企业操作问题”和“国税机关操作问题或技术问题”，符合税法规定抵扣条件的，允许其抵扣增值税进项税额；
（二）属于企业问题中“一般性违规问题”的，依据现行规定处理；
（三）属于企业问题中“涉嫌偷骗税”的，不需要对企业作出做出税务处理，将《增值税抵扣凭证审核检查移交清单》及相关资料移交稽查部门查处。
对于走逃企业或者非正常户的异常发票，经过审核检查确能证明涉嫌偷骗税行为的，移交稽查部门查处。
第二十九条 审核检查岗应当在录入“一般性违规”核查结果20日内做出税务处理结果，并于当日将税务处理结果录入核查子系统。
第三十条 稽查部门应当在自接收涉嫌偷骗税有关资料之日起1个月内立案检查。
第七章 考核统计管理
第三十一条 各级流转税管理部门定期对审核检查工作的完成情况以及异常发票情况进行动态统计、分析，发现问题应当立即报告。
第三十二条 各级国税机关应将异常增值税专用发票审核检查工作纳入税收工作考核范围，定期对以下指标进行考核：
（一）审核检查完成率＝本期完成审核检查发票数/本期应完成审核检查发票数×100%
其中：本期完成审核检查发票数＝按期完成审核检查发票数＋逾期完成审核检查发票数
本期应完成审核检查发票数＝本期按期应完成审核检查发票数＋前期逾期未完成审核检查发票数
（二）审核检查按期完成率＝按期完成审核检查发票数/按期应完成审核检查发票数×100%
（三）异地核查回复率＝本期回复异地核查发票数/本期应回复异地核查发票数×100%
其中：本期回复异地核查发票数＝按期回复异地核查发票数＋逾期回复异地核查发票数
本期应回复异地核查发票数＝本期按期应回复异地核查发票数＋前期逾期未回复异地核查发票数
（四）异地核查按期回复率＝按期完成异地核查发票数/按期应完成异地核查凭证数×100%
第八章 文书管理
第三十三条 审核检查岗位在审核检查工作完成后应当依照档案管理规定及时对有关资料进行归档。
第三十四条 归档应当收集以下资料：
1、《审核检查工作底稿》及相关取证或税务处理资料；
2、《增值税抵扣凭证委托审核检查函》、《待审核检查增值税抵扣凭证清单》；
3、《增值税抵扣凭证审核检查回复函》、《增值税抵扣凭证审核检查结果清单》；
4、《增值税抵扣凭证审核检查移交清单》及相关资料
