南海子湿地保护区管理机构负责湿地保护区的日常管理工作，其主要职责是：
（一）贯彻执行有关湿地保护的法律、法规和方针政策；
（二）组织对湿地保护区保护规划的实施；
（三）制定湿地保护区的保护管理制度并组织实施；
（四）调查湿地保护区的自然资源，组织实施环境监测，建立并及时更新湿地资源信息档案；
（五）做好湿地保护区内的防灾害、防污染的预察防范工作，制定保护工作的应急预案；
（六）负责湿地保护区界标的设置和管理；
（七）在不影响保护自然环境和自然资源的前提下，在湿地保护区实验区内组织开展参观、游览和其他活动；
（八）建立湿地科普教育基地，开展湿地保护宣传教育，普及湿地保护知识；
（九）依法保护湿地保护区内自然景观、水体、林草、野生动物、生态环境、公共设施，维护管理秩序，查处纠正违法行为。
市环保、规划、国土资源、建设、发展改革、公安、农牧业、水利、旅游等有关行政管理部门应当在各自职责范围内，做好湿地的保护管理工作。
第七条 市人民政府及其湿地保护区所在地人民政府应当鼓励支持单位或者个人采取多种出资形式保护湿地。
第八条 任何单位和个人都有保护湿地生态环境和湿地资源的义务，并有权对损害湿地生态环境和湿地资源的行为进行检举和控告。
第九条 湿地保护区保护规划修编由市林业行政主管部门会同市环保、规划、国土资源、建设、发展改革、公安、农牧业、水利、旅游等相关部门和湿地所在地人民政府依据自治区人民政府湿地保护规划修编。修编保护规划应当进行环境影响评价，明确功能分区定位，根据湿地保护区功能特点、水资源、动植物资源状况及现有规模、布局，确定保护措施。
修编湿地保护区保护规划应当通过论证会、听证会等形式，广泛征求有关单位、专家和公众意见，经市人民政府批准后报自治区人民政府备案，并向社会公布后实施。
第十条 湿地保护区划分为核心区、缓冲区和实验区，并设立界标，实行分区管理。
核心区禁止任何单位和个人擅自进入。确因科学研究需要进入核心区的，应当向南海子湿地保护区管理机构提出申请，经自治区湿地保护行政主管部门批准后方可进入。
缓冲区禁止开展旅游和生产经营活动。从事科学研究观测、调查活动，需经南海子湿地保护区管理机构批准后方可进入。
