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主要生态问题：天然阔叶林面积减少，森林质量降低，水源涵养功能减弱，特别是旱季江河水量锐减；雨季局部区域山洪、泥石流、滑坡等灾害多发；坡耕地面积大，水土流失较严重。
生态保护主要方向与措施： 规划建立重要生态功能保护区，重点强化水源涵养和生物多样性保护生态功能。加强生态公益林建设，恢复与重建自然生态系统，加强自然保护区建设和管理，保持生物多样性，适度发展商品林；合理利用生态景观优势和生物资源优势，积极发展生态农业、有机农业和生态旅游等生态产业；控制森林资源开发利用强度；严格限制发展导致水体污染的产业；积极防治地质灾害。
（二）水源涵养功能区
全区有水源涵养生态功能三级区16个，面积4.03万平方公里，占全区土地面积的17.04%。分布在桂东、桂东南、桂西北和桂北的山地丘陵，主要是大桂山、云开大山、大容山、镇龙山、莲花山、六万大山、罗阳山、四方岭、大青山和桂江、蒙江、盘阳河、灵歧河、大环江、小环江等流域山地以及罗贤、六陈、平合、洪潮江、小江、凤亭河、大王滩、澄碧河、百东河、达洪江等水库库区。这些区域生态公益林与商品林交错分布，森林植被保持相对完好，水源涵养服务功能极为重要。
主要生态问题：人类活动干扰强度大；人工纯林面积比重较大，森林结构单一，涵养水源、保持水土等生态服务功能下降，生物物种减少；部分库区坡耕地面积大，水土流失严重；城镇生活污染物、工业污染物排放及规模水产养殖影响了部分水库水质。
生态保护主要方向与措施：加强生态公益林的改造与建设，通过封育恢复自然植被，促使其逐步向常绿阔叶林演化，提高水源涵养的功能；林产业向合理利用与保护建设相结合的生态型林业方向发展，保持森林生长与采伐利用的动态平衡，兼顾生态效益和经济效益，逐步恢复和改善地力；加强水土保持；严格限制发展导致水体污染的产业。
（三）生物多样性保护功能区
全区有生物多样性保护生态功能三级区3个，面积1.55万平方公里，占全区土地面积的6.53%。主要分布于桂西南的龙州、宁明、大新、隆安、靖西、德保、那坡等县和环江的岩溶山区。山多地少，易旱易涝，生态系统脆弱。桂西南岩溶山区保存有面积较大的北热带石灰岩季雨林，环江县木论岩溶山区保存有大片的中亚热带石灰岩常绿落叶阔叶混交林，岩溶生态系统完整，生物种类繁多，拥有大量岩溶珍稀、特有和古老的生物种类，是国际生物多样性保护的热点地区之一，对于生物多样性保护具有重大意义。该类型区生物多样性敏感性极为敏感，生物多样性保护服务功能极为重要。
主要生态问题：农业扩张、交通建设、过度放牧、生物资源过度利用、外来物种入侵等导致物种自然栖息地遭到破坏，栖息地破碎化、“岛屿化”严重，生物多样性受到严重威胁；天然林破坏较为严重，森林覆盖率低，生态系统服务功能退化，水土流失、石漠化严重；坡耕地面积比重大，土地生产力低；局部矿产开发造成区域环境污染和生态破坏。
生态保护的方向与措施：保护自然生态系统与重要物种栖息地，维护生态系统完整性；加强自然保护区建设，提高自然保护区管理能力；禁止对生物多样性有影响的经济开发，防止不合理开发建设活动导致物种栖息环境的改变；禁止对野生动植物进行滥捕、乱采、乱猎，加强对外来物种入侵的控制；继续采取封山育林、退耕还林、小流域治理、农村生态能源建设等措施，恢复重建石山森林生态系统，提高水源涵养和水土保持能力；加强矿区生态恢复与重建，综合防治工业污染和生活污染。
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