各级卫生行政部门要有效开展农村医疗机构及其服务行为的外部监管。县级卫生行政部门要制定新型农村合作医疗定点医疗机构管理办法，引入竞争机制，建立严格的准入和退出制度；要根据省级卫生行政部门会同有关部门制定的基本诊疗和用药目录等严格监管医疗机构服务行为，定点医疗机构目录范围外医药费用超过规定比例的，当年医疗机构评价不合格，并且延期参加医院的等级评审。农村医疗机构要切实加强内部管理，建立健全疾病检查、治疗、用药等方面的规范、制度及行之有效的自律机制。新型农村合作医疗经办机构要与定点医疗机构签订具体的服务人群、服务范围、服务内容、服务质量、医疗费用结算办法、医疗费用支付标准以及医疗费用审核与控制为主要内容的协议，明确双方责任、权利和义务。要建立定点医疗机构监测指标评价体系，定期考核、评估。
各级新型农村合作医疗定点医疗机构要立足于为民、便民、利民，转变观念，端正医风；建立内部监督机制，合理检查、合理治疗、合理用药，严格执行诊疗规范，严格控制参合农村居民就医不可报销医疗费用比例，控制医疗费用的不合理增长，使有限的资金发挥最大的效益。卫生部门要加强农村医疗机构的医疗质量管理和药事管理，制订和完善诊疗规范，严厉打击非法行医，保证农村居民医疗安全、经济、有效。价格主管部门要加强对农村医疗卫生机构的价格监督，严厉查处价格违法违规行为，严格控制农村医药费用的不合理增长，减轻农村居民医药费用负担。
七、加强对新型农村合作医疗制度建设的组织领导
各级政府要把建立新型农村合作医疗制度作为实现党的十七大确定的“人人享有基本医疗卫生服务”重要目标和建立基本医疗卫生制度、使全体人民“病有所医”重大任务的重要措施抓好落实，切实加强领导，提高认识，组织好各方力量，推进新型农村合作医疗制度建设在新的起点上又好又快发展。
各有关部门要明确责任，加强协调，密切配合。卫生部门要充分发挥主管部门作用，加强政策指导，切实强化定点医疗机构管理；要注重在新型农村合作医疗中发挥中医药的优势和作用。机构编制部门要按照机构编制管理有关规定，做好新型农村合作医疗的机构编制工作。发展改革部门要牵头做好新型农村合作医疗信息管理系统网络建设，并加强农村卫生服务体系建设。财政部门要加强资金筹集和监管，确保新型农村合作医疗基金安全。农业及农民负担监督管理部门要充分发挥职能作用，配合做好宣传推广工作，协助对筹资的管理，监督资金的合理使用。民政部门、老区办要做好农村困难家庭医疗救助、重点优抚对象及革命“五老”人员医疗补助工作，主动衔接、支持新型农村合作医疗制度的建立和完善。劳动和社会保障部门应处理好城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗的关系，明确权责，避免出现“空白区”或“重叠区”，支持新型农村合作医疗制度建设，配合做好新型农村合作医疗信息管理系统网络建设，配合相关部门做好城镇居民医疗保险和城乡医疗救助与补助等工作的衔接。食品药品监管部门要加强农村药品和医疗器械监管工作，规范农村药品和医疗器械供应渠道，做好农村基本用药定点生产、供应工作，保障农村居民用上安全、有效药品；规范药品和医疗器械采购、贮存和使用行为。
