各县（市、区）历年新农合基金累计结余（含风险基金）一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的25％，其中当年结余一般应不超过当年筹资总额的15％（含风险基金）。风险基金按当年筹资总额的3％提取，应留存在新农合基金财政专户，累计规模保持在当年统筹基金总额的10％以内，主要用于弥补基金非正常超支造成的基金临时周转困难等。动用风险基金要严格按照规定程序申请报批。任何组织和个人不得挤占挪用新农合结余基金（含风险基金），不得以结余的基金抵充下一年度政府承诺的新型农村合作医疗资助资金及农村居民个人缴费。
农村居民在定点医疗机构就诊，先由定点医疗机构初审并垫付规定补偿资金，定点医疗机构定期到新型农村合作医疗经办机构报销。新型农村合作医疗经办机构应及时审核支付定点医疗机构的垫付资金，保证定点医疗机构的正常运转。新型农村合作医疗经办机构在审核医疗费用账目时，如发现定点医疗机构有违反相关规定的兑付，已发生不应报销的费用由定点医疗机构承担。
在新型农村合作医疗信息网络管理系统未建立之前，农村居民到县级以上（或县外）医疗机构就医，一般先自行垫付有关费用，再由新型农村合作医疗经办机构按相关规定及时审核、补偿兑付。有条件的地区可与县外定点医疗机构签订协议，通过网络数据传输审核，先由县外定点医疗机构垫付补偿资金，后与新农合经办机构结算。
加快新型农村合作医疗信息化网络建设。依照《
卫生部关于新型农村合作医疗信息系统建设的指导意见》，依托全省医保网络和设备平台，在各设区市建立新型农村合作医疗信息操作平台，在设区市卫生行政部门成立异地就医费用结算中心，以县为单位统筹进行参合农民住院费用的结算，加快定点医疗机构与县级经办机构联网运行，实现网上审核补偿兑付、监管和信息传输，实现农民群众就医即时报销。在省里建立全省新型农村合作医疗数据备份中心和异地就诊数据交换中心。要逐步使用全省统一的社会保障卡，实现全省就诊一卡通。要保证信息安全和根据工作需要共享信息资源。新型农村合作医疗信息资源属国家所有，任何单位和个人不得以任何理由拒绝政府主管部门共享、检查新农合信息系统资源。
（五）监督机制
逐步建立以新型农村合作医疗监督委员会监督为主，内部监督、财政监督、审计监督以及社会监督有机配合的新型农村合作医疗监管体系。建立定期汇报、公示、举报、审计和通报制度，形成政府主导、部门负责、农村居民参与和社会共同关注的监督管理长效机制。
