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设区市成立由分管副市长任组长，各有关部门领导为成员的新型农村合作医疗工作领导小组，各县（市、区）成立由县级人民政府主要领导、有关部门负责人和参加新型农村合作医疗的农村居民代表组成的新型农村合作医疗管理委员会，负责协调各有关单位贯彻落实中央和省委、省政府关于新型农村合作医疗的方针政策和工作部署。设区市新型农村合作医疗工作领导小组和各县（市、区）新型农村合作医疗管理委员会在同级卫生行政部门设立办公室，具体工作由有关职能科室承担。
各级各有关部门要按照职责分工，密切配合，确保新型农村合作医疗制度建设顺利推进、平稳发展。
2．加强经办机构建设
新型农村合作医疗经办机构人员编制由县（市、区）在现有事业编制总量中调剂解决，按程序报机构编制部门审批。人员和工作经费列入同级财政年度预算予以安排。县（市、区）经办机构可在乡镇委托有关机构办理日常业务。
要按照国务院新型农村合作医疗的基本原则和政策要求，明确政府相关部门、经办机构及定点医疗机构的权利、义务，规范管理行为，保障参合农民的合法权益。新型农村合作医疗经办机构、新型农村合作医疗服务中心均不得从合作医疗基金中提取管理、服务费用，确保所有的新型农村合作医疗基金（包括利息收入）用于参合农村居民的医疗费补偿，切实保证农村居民最大受益。
3．加强制度建设的指导和技术支持
省和设区市卫生行政部门成立新型农村合作医疗技术指导组。技术指导组重点做好跟踪指导、资料汇总、评估和业务骨干的培训工作，不定期深入基层调查研究，收集资料，技术指导、评估分析与答疑，及时向有关部门报告工作进展情况及有关重大问题，提出政策、措施建议。
（二）建立筹资水平稳步增长的保障机制
1．个人缴费。农村居民的缴费水平随着收入水平的增长而提高。从2008年起，农村居民个人缴费标准从每人每年10元提高到20元。
2．政府资助。从2008年起，省（含中央补助）、市、县级财政对各县（市、区）参加新型农村合作医疗农村居民的每年人均资助总额从50元提高到80元。今后随财政收入增长逐步提高。
个人缴费和政府资助的资金全部按规定时间进入基金账户，统一管理。省级财政结合我省实际情况，对参合农村居民实行分类补助。具体的分类补助标准由省财政厅会同省卫生厅制定。除省级财政补助外，其余的经费由设区市和县（市、区）财政分担，具体分担比例由设区市人民政府确定。经济条件较好的设区市、县级财政可适当增加资助，提高筹资总额。厦门市实行新型农村合作医疗制度所需资金由厦门市政府统筹安排。设区市、县（市、区）应将政府承诺资助的新型农村合作医疗经费列入同级财政年度预算，建立稳定、长效的工作运行机制。
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