指挥部各成员单位职责如下：
省卫生厅：负责组织制订鼠疫防治技术方案；统一组织实施鼠疫应急医疗救治工作和各项预防控制措施，并进行检查、督导；开展疫区卫生处理，对疫情做出全面评估，根据鼠疫防控工作需要，依法提出隔离、封锁鼠疫疫区的建议；按照卫生部制订的鼠疫疫情信息发布标准，经卫生部授权、省人民政府同意，对外发布鼠疫疫情信息；负责组织全社会开展爱国卫生运动。
省发展改革委：加强鼠疫疫情对全省国民经济和社会发展影响及有关药品和相关商品价格的监测分析和预警，必要时采取相应措施进行调控和监督，稳定物价，维护市场秩序。
省经贸委：紧急动用省医药储备，根据我省现有医药储备规模，做好灾区紧缺药品、医疗器械的应急供应；及时组织调运疫区人民生产、生活所必需的物资，做好疫区重要生活必需品的应急供应工作。
省外侨办：负责会同有关部门与驻赣涉外机构的协调、沟通，做好在赣港、澳同胞和海外侨胞、外籍人员应急救治的协调、涉外宣传工作及其他鼠疫疫情应急处理的涉外事务。
省交通厅、南昌铁路局、民航江西监管办：按《国内交通卫生检疫条例》及其实施办法，负责各自职责范围内的交通卫生检疫工作，优先运送疫情处理人员、药品药械和有关物资。
江西出入境检验检疫局：涉及国境卫生检疫时，按《
中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则的规定办理。
省农业厅：负责做好疫区家畜的鼠疫等动物疫病防疫和动物防疫监督工作。
省林业厅：负责疫区内鼠群密度变化及其它野生动物异常情况的监控；结合野生动物疫源疫病监测工作，协助开展鼠疫及相关鼠传染病的监测；疫情发生时，协助做好疫情发生地的隔离工作。
省公安厅：协助卫生行政部门，指导鼠疫疫区公安机关，落实强制隔离措施，做好疫区封锁工作，加强疫区治安管理和安全保卫工作；依法、及时、妥善地处置与疫情有关的突发事件，打击各类违法犯罪活动，维护疫区的社会治安秩序。
省工商局：加强市场监管，严把市场主体准入关，严厉查处集贸市场上非法收购、出售和加工旱獭等鼠疫宿主动物及其产品的单位、个人。指导集贸市场开办者和有关动物及产品经营者搞好自律管理。
省财政厅：做好省级鼠疫控制应急资金的安排并及时拨付，加强资金管理监督。
省民政厅：对符合救助条件的鼠疫患者提供医疗、生活救助；指导社区居委会、村委会动员群众参与群防群治；协调做好鼠疫疫情中死亡人员的火化，协助做好有关善后工作。
省科技厅：协助提供鼠疫疫区处理所需技术，支持相关科学技术研究。
省教育厅：协助卫生部门督促学校落实鼠疫疫情控制措施，防止鼠疫疫情在学校内发生；做好在校学生、教职工的鼠疫防治知识宣传教育和自我防护工作。
