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环保部门负责拟订污染源普查方案和不同阶段的工作方案，组织培训，负责污染源的监测、指导和督促检查各县（市）的污染源普查工作，对普查数据进行汇总、分析和结果发布，组织普查工作的验收。负责对工业源、生活源和危险废物处置厂的普查；
发展改革委、经贸委等部门配合做好工业源的普查及污染源普查成果的分析、应用。
财政部门负责普查经费预算审核、安排和拨付，并监督经费使用情况。
宣传部门负责组织污染源普查的宣传和新闻发布工作。
国土资源部门负责提供伴生放射性矿物开发利用单位基本情况。
公安部门负责对机动车污染的普查及相关普查成果的分析、应用。
建设部门负责生活源、城镇污水和集中污染治理设施等普查。会同环保部门开展污水处理厂和垃圾处理场（厂）的普查，并提供污水处理厂和垃圾处理场（厂）名录；参与城镇生活污水、生活垃圾排放量调查。
农业部门、农机部门负责农业源和渔业源的普查。
卫生部门提供本系统射线装置以及放射性同位素使用情况资料，配合做好医疗污染源普查工作。
广电部门配合做好广播、电视发射设施的污染普查工作。
工商部门负责提供污染源企业的基本登记信息。
统计部门负责审定污染源普查表，参与普查总体方案设计，协同环保部门做好数据统计和分析工作。
（四）质量保证
自治州普查领导小组办公室根据自治区普查领导小组办公室制定的普查数据质量控制体系及普查工作评价标准，建立污染源普查数据质量控制责任制，设立专门的质量控制岗位，对污染源普查实施中的每个环节实行质量控制和检查验收。负责自治州统一普查的各项标准、统一数据处理程序和数据处理方案、统一重要问题的解释等工作。
制定污染源普查各项技术规定，对污染源普查方案和重要技术规定进行评审和论证，确保污染源普查各项技术方案和科学性和可操作性。
各县（市）污染源普查机构要根据统一规定，建立污染源普查数据质量控制责任制，设立专门的质量控制岗位，并对污染源普查实施中的每个环节实行质量控制和检查验收。
自治州污染源普查工作领导小组办公室统一组织污染源普查数据的质量核查工作，在各主要环节，按一定的比例抽样，抽查结果作为评估污染源普查数据质量的依据。数据质量达不到规定要求的，必须重新调查。
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