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秘书一处，负责办理重点项目、财政、审计方面的事项。联系省财政厅、审计厅，财政部驻江苏专员办、审计署驻南京特派办。
负责办理发展计划、经济体制改革、对口支援和经济协作、能源、金融、税务、统计、物价方面的事项。联系省发展改革委、金融办、国税局、地税局、统计局、物价局、省级机关事务管理局、农联社，人民银行南京分行、江苏银监局、江苏证监局、江苏保监局，金融机构驻江苏分支机构。
秘书二处，负责办理工业、交通（港口、航空）、通信、流通领域、国有资产管理、安全生产方面的事项。联系省经贸委（中小企业局）、交通厅、铁路办、国资委、国防科工办、盐务管理局、烟草专卖局、通信管理局、邮政管理局、安全生产监管局（煤矿安全监察局），民航江苏安监办，江苏海事局，上海铁路局南京办事处、徐州办事处，南京电监办，华东石油局，省总工会。
秘书三处，负责办理对外经济贸易、外事、侨务、旅游、民族宗教方面的事项。联系省民委（宗教局）、外经贸厅、外办、台办、侨办、侨联、旅游局，贸促会江苏分会、江苏检验检疫局、南京海关、商务部驻宁特派办。
秘书四处，负责办理农业农村经济、水利、粮食、扶贫方面的事项。联系省农林厅、水利厅、乡镇企业局、海洋渔业局、粮食局、农业资源开发局、农机局、林业局、气象局，省扶贫办、供销社、农科院。
负责办理国土资源管理方面的事项。联系省国土资源厅、地矿勘查局、华东地勘局、测绘局。
秘书五处，负责办理科技、文化、信息化、广播电视、新闻出版、社会科学方面的事项。联系省科技厅、文化厅（文物局）、信息产业厅、广电局、新闻出版局（版权局）、知识产权局、无线电管理局，省社科院、科协、文联、作协、社科联、地方志办公室，省政府参事室、文史馆，省档案局、保密局。
负责办理教育、卫生（血防）、人口和计划生育、社会保障、体育、政府法制、城乡建设方面的事项。联系省教育厅、卫生厅（中医药局）、人口计生委、劳动保障厅、建设厅、人防办、地震局、体育局、建工局，省政府法制办，省红十字会。
秘书六处，负责办理人事、编制、监察、环境保护方面的事项。联系省人事厅、监察厅、编办、环保厅。
负责办理公安、司法、民政、残疾人、老龄、工商管理、市场监管、妇女儿童、信访和驻江苏部队方面的事项。联系省安全厅、公安厅、司法厅、民政厅、工商局、质监局、食品药品监管局、信访局、监狱管理局，团省委、省妇联、省残联。
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