3、控制医疗费用
（1）合理确定支付范围。完善新型农村合作医疗基本用药目录和基本检查项目，严格执行不予报销项目等相关规定。
（2）建立逐级转诊制度。建立严格的转诊审批制度，既保证需要转诊的病人及时转诊治疗，又控制不应该转诊的病人转出，保证合作医疗资金公平合理使用。
（3）审查和监控医疗费。合作医疗管理中心要定期对定点医疗机构的服务进行检查监督，考核评价，对发现的问题要及时提出整改意见，限期整改。对严格执行合作医疗管理规定并作出突出成绩的给予表彰奖励，对严重违规违纪行为要根据有关规定严肃查处。
三、加强对合作医疗工作的领导
（一）加强领导，明确工作职责
城区各镇（乡）、有关部门要把合作医疗工作作为执政为民的一件大事来抓，建立“一把手负总责”的机制，强化领导责任，狠抓具体落实。
1、城区新型农村合作医疗工作领导小组职责
（1）制定新型农村合作医疗实施方案、章程和各项管理规章制度；
（2）制定新型农村合作医疗发展规划和计划；
（3）组织合作医疗的宣传发动工作；
（4）确定合作医疗基金筹资标准，支付范围，支付标准和补偿比例；指定国有商业银行设立专用帐户，保证合作医疗基金专户储存，专帐管理，专款专用；
（5）定期检查、监督合作医疗基金筹集、管理和使用情况，保持基金的收支平衡；
（6）及时研究、协调、解决合作医疗运行中的问题，使合作医疗基金发挥最大效益，公平、合理地补偿合作医疗参加者的医疗费用，维护参合者权益；
（7）建立合作医疗信息网络和统计报告制度，及时收集、汇总、整理、分析、传递、贮存、反馈、上报合作医疗信息；
（8）进行年度工作考核、总结，表彰先进，惩处违规行为。
2、合作医疗管理中心职责
（1）执行新型农村合作医疗领导小组的决议、决定，具体负责合作医疗实施过程中的业务管理工作；
（2）对申请合作医疗定点医疗机构的医院进行审查上报；
（3）严格执行合作医疗基金管理办法和基金财务核算制度，按照规定要求筹集、管理、使用合作医疗基金；
（4）审批医疗转诊，审核报销医药费；
（5）监督检查医疗卫生机构的服务行为和合作医疗管理规章制度执行的情况；
（6）及时向社会公布合作医疗基金的具体收支和使用情况，主动接受参合者监督；
（7）按时准确填写各种统计报表并及时上报。
