市商务局：在发生突发重大动物疫情期间，负责做好生活必需品市场供应工作，维护市场秩序。配合农牧业、商检等部门，做好动物屠宰企业的疫情防范、监管、处理和国内外可能对我区畜禽产品设限的应对工作。
市卫生局：负责疫区内人员防护有关标准的制定和技术指导、高危人群的预防和医学观察以及人间疫情监测工作。
市工商行政管理局：负责做好疫区、受威胁区内动物及动物产品交易市场监管以及对可能出现流动的病畜禽产品的追踪收缴工作。
市林业局：组织开展陆生野生动物资源调查和观测，组织专家分析和提出有关陆生野生动物的分布、活动范围和迁徙动态等预警信息；协助兽医行政管理部门组织开展对陆生野生动物疫源疫病的监测工作；发生陆生野生动物疫情时，会同有关部门快速采取隔离控制等措施。
集宁出入境检验检疫局：负责做好出入境动物及动物产品的检验检疫工作，防止疫病的传入传出；及时收集、分析境外重大动物疫情信息，并及时向应急指挥部报告有关情况；依法确保应急物资的产品质量，参与制定重大动物疫情处置的相关技术标准。
集宁铁路办事处：在突发重大动物疫情时，配合动物防疫监测机构对动物及动物产品进行堵截、检疫，保证突发重大动物疫情应急处理人员以及防治药品、器械等应急物资和有关样本的运送，确保安全、快速，防止疫病扩散。
乌兰察布军分区后勤部：负责军队系统突发重大动物疫情应急处理工作，协调边防部队等军队有关防疫资源，支援市突发重大动物疫情报告、边境监测等应急处理工作。
武警乌兰察布支队：组织指挥武警部队参与突发重大动物疫情的应急处理行动，配合公安部门参与做好疫区封锁、疫点内动物扑杀等工作。其他有关部门和单位根据本部门、本单位职责和突发重大动物疫情应急处理的需要，组织做好相关工作。指挥部办公室设在市农牧业局，负责按照指挥部要求制定具体防治政策，部署扑灭突发重大动物疫情工作，并督促各旗县市区和各有关部门落实各项防治措施。
2．1．2 旗县市区、乡镇苏木突发重大动物疫情应急指挥部的组成和职责旗县市区、乡镇苏木突发重大动物疫情应急指挥部由旗县市区、乡镇苏木人民政府有关部门组成，政府分管领导担任总指挥，负责对本行政区域内突发重大动物疫情应急处理的指挥，做出处理本行政区域内突发重大动物疫情的决策。
2．2 日常管理机构市兽医行政管理部门负责全市突发重大动物疫情应急处理的日常管理工作。其主要职能是：负责突发重大动物疫情应急处理相关法律、法规的起草工作；组织提出突发重大动物疫情应急处理方针、政策和措施。组建与完善重大动物疫情监测和预警系统；制订突发重大动物疫情应急预案，组织预案演练；组织对兽医专业人员进行突发重大动物疫情应急知识和处理技术的培训，指导各地实施突发重大动物疫情应急预案。旗县市区、乡镇苏木兽医行政管理部门要指定专门机构负责本行政区域内突发重大动物疫情应急处置的日常管理工作。
2．3 专家委员会市兽医行政管理部门组建全市突发重大动物疫情专家委员会，其具体职责是：对突发重大动物疫情相应级别采取的技术措施提出建议；对突发重大动物疫情应急准备提出建议；参与制订或修订突发重大动物疫情应急预案和处置技术方案；对突发重大动物疫情应急处理进行技术指导、培训；对突发重大动物疫情应急反应的终止、后期评估提出建议；承担突发重大动物疫情应急指挥部和日常管理机构交办的其他工作。旗县市区兽医行政管理部门可根据本行政区域内突发重大动物疫情应急工作需要，组建本级突发重大动物疫情应急处理专家委员会。
2．4 应急处理机构
2．4．1 动物防疫监督机构：主要负责对受威胁区动物及动物产品生产、贮藏、运输销售等活动进行防疫监督及对疫区动物疫情的控制和扑灭工作；建立紧急防疫物资储备库，储备疫苗、药品、诊断试剂、防护用品、交通及通讯工具等，评估疫情处理及制订物资使用计划，培训防疫人员，组织成立疫情处理预备队，组织开展预防灭病宣传工作。
