各级环境保护主管部门监督性监测结果和实验室比对监测结果与上级环境保护主管部门的检查、抽查监测结果不一致时，由上级环境保护主管部门依据相关技术规范确认其监测数据的有效性。实验室比对监测结果表明同步的自动监测的数据质量达不到规定时，则从本次实验室比对监测时间上推至上次实验室比对监测之间的时段按自动监测系统数据缺失处理，数据缺失时段的排放量按照相关技术规范的规定核算。
第五条 监测数据上报各州（地、市）环境保护主管部门要建立完整的污染源基础信息档案，建立污染源监督性监测数据库（包括污染源监督性监测数据、经过有效性审核后的自动监测数据和自动监测设备比对监测数据）。落实专门的部门和人员负责污染源数据库的管理，在每季度的第三个月20日前，将辖区内污染源的监测数据报至省环境保护局，同时抄送省环境监测中心站。
第六条 主要污染物排放总量申报各排污单位对污染物排放状况和污染防治设施运行情况进行定期监测，每月初向当地环保部门申报主要污染物排放总量，并提供当月生产运行工况、主要产品产量等有关资料，建立污染源基础信息档案及污染源监测档案。
对于安装自动监测设备并与环保部门联网的污染源，排污单位以自动监测数据为依据申报化学需氧量和二氧化硫的排放量；
对于未安装自动监测设备或没有联网的污染源，由排污单位提供具备资质的监测单位出具的化学需氧量和二氧化硫监测数据，以此申报化学需氧量和二氧化硫的排放量。
对于无法安装自动监测设备和不具备条件监测的污染源，排污单位应按环境统计方法计算化学需氧量和二氧化硫的排放量，并依此向当地环境保护主管部门申报。
第七条 主要污染物排放总量核定各州（地、市）环境保护主管部门对排污单位每月申报的化学需氧量和二氧化硫排放量进行核定，并将核定结果书面告知排污单位。
对安装自动监测设备的排污单位，监测设备必须与环境保护主管部门直接联网，实时传输数据，环境保护主管部门据此数据进行核定。
对未安装自动监测设备或自动监测设备没有与环境保护主管部门联网的污染源，环境保护主管部门可依据每季度进行的污染源监督手工监测数据或环境统计方法核定排污单位的申报排放量。
