全市污染源普查工作分以下三个阶段实施。
1、准备阶段（2007.05-2007.12）：成立机构，落实经费，开展宣传，进行组织动员；制订普查方案和各类技术规范，编制普查表，开发相应的软件和数据库；开展普查培训。
2、全面普查阶段（2008.01-2008.12）：对排污企业和单位进行逐一清查，组织填报普查表，完成数据审核录入，建立污染源数据库和污染源档案，由市污染源普查领导小组办公室（简称普查办）进行审核、验收。2008年5月15日前，各区普查办负责将本地区污染源普查数据审核、汇总，并通过验收后，报市普查办。2008年5月底前，市普查办负责将全市污染源普查数据汇总，报省污染源普查办。
3、验收总结阶段（2009.01-2009.06）：建立全市污染源数据库，上报和发布普查数据，开发利用普查成果，总结验收普查工作。
四、普查组织及实施
（一）基本原则
市政府统一领导，部门分工协作，地方分级负责，各方共同参与。
（二）组织机构
鄂州市第一次污染源普查领导小组（以下简称“市普查领导小组”）由分管市长任组长、相关部门负责人为成员组成，负责普查的组织和实施工作。市普查领导小组办公室设在市环保局，由相关单位抽调专人组成工业污染源组、农业污染源组、生活污染源组，集中办工，统一指挥。市普查办主要职责是：
1、贯彻执行全国污染源普查行政法规，落实全国和全省第一次污染源普查办公室的相关文件精神；
2、拟订鄂州市污染源普查工作方案，报经市普查领导小组审核批准后组织实施；
3、制订和组织实施鄂州市污染源普查各阶段工作方案、实施细则、技术规定等；
4、组织开展鄂州市污染源普查工作的培训和宣传报道；
5、对各区、街办污染源普查工作进行业务指导、督促检查和验收；
6、组织指导对重点污染源排污企业和单位进行逐一清查，正确填报普查表，完成数据审核录入，督促建立各级污染源数据库和污染源档案；
7、向市普查领导小组提交普查成果报告，并根据市普查领导小组决定上报和发布普查数据；
各区、街办要设立本级污染源普查领导小组及其办公室，按照市普查领导小组及其办公室的统一规定和要求，负责组织实施本地区的污染源普查工作。重点调查产业活动单位应当设立污染源普查机构，负责本产业活动单位污染源普查表的填报工作；其他各类法人单位应当指定相关人员负责本单位污染源普查表的填报；各有关单位应当积极推荐符合条件的人员经过培训担任普查员。普查中，可在街道办事处、乡镇政府、居民委员会、有关教育单位临时聘用部分经培训合格的普查员。
