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1、组织拟订全市污染源普查方案，经全市污染源普查领导小组审定后组织实施。
2、制定和组织实施全市污染源普查各阶段工作方案。
3、组织开展全市污染源普查工作的宣传报道和培训。
4、对各县（市、区）污染源普查工作进行业务指导、督促检查和验收。
5、向领导小组提交普查报告，根据领导小组决定上报普查数据。
各县（市、区）政府也要成立污染源普查领导小组及其办公室，按照市领导小组及其办公室的统一要求，负责组织实施本地的污染源普查工作。
普查工作可在街道办事处、乡镇政府、居民委员会临时聘用部分普查员。
（三）部门分工
普查工作由全市污染源普查领导小组统一领导和协调。市环保局牵头组织全市污染源普查工作，负责拟定全市污染源普查方案和不同阶段的工作方案，制定有关技术规范，组织普查工作试点和培训，对普查数据进行汇总、分析和结果上报，组织普查验收工作。领导小组其他成员单位参与编制和审议污染源普查方案及各阶段工作方案，指导和督促检查地方污染源普查工作，推动本系统参与和支持地方环保部门组织的污染源普查工作，并按照各自职责协调落实相关事项。宣传部门负责组织污染源普查的宣传和新闻发布工作。发展改革部门（经贸部门）配合做好工业源的普查及污染源普查成果的分析、应用。财政部门负责普查经费预算审核、安排和拨付。环保部门、建设部门负责生活源、城镇污水和垃圾集中处理设施普查。农业部门、环保部门负责农业源的普查。工商部门负责提供污染源企业的基本登记信息。统计部门负责审定污染源普查表，参与普查总体方案设计，协同环保部门做好数据统计和分析工作。
（四）时间安排
普查工作总体时间安排为2006年10月至2009年12月（工作时间为3年），分为三个阶段进行：
1、准备试点阶段：2006年10月-2007年12月。
（1）启动（2006年10月-2007年4月）。
组建普查领导小组办公室，召开第一次领导小组会议。开展第一轮宣传报道活动。成立普查工作办公室。
（2）技术准备（2007年1月-12月）。
制定普查方案，确定普查技术路线，并通过专家论证（2007年2月-5月）；
普查所需要的产排污系数研究，开展监测、实测工作，提交普查所需技术参数和产排污系数（2007年4月-9月）；
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