（3）结清税款阶段。纳税人年度所得税申报经主管税务机关受理后，纳税人已预缴的税款少于全年应缴税款的，应在年度终了后5个月内结清应补缴的税款。
纳税人不按规定期限办理申报、拒不申报，不按规定期限结清税款的，主管税务机关将依照《
中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关规定予以处理。
2．税务机关工作程序
（1）准备阶段。2007年度汇算清缴是实施《
中华人民共和国企业所得税暂行条例》的最后一年，各级税务机关要精心组织，明确一位分管局领导主抓这项工作。各科、所要落实专人负责，认真做好年度申报和汇算清缴的各项工作。
各级税务机关要根据所辖纳税人的数量、分布情况，对汇算清缴工作进行安排和部署。要组织好内部学习，全面准确掌握企业所得税政策法规，特别是涉及纳税调整和当年新出台的政策法规。要通过多种形式组织汇算清缴的宣传辅导工作，使纳税人掌握汇算清缴程序，提高纳税人的办税能力。要选派业务素质较好的人员为纳税人提供咨询服务，解答纳税人在办理年度企业所得税申报过程中遇到的政策以及技术性问题，为纳税人提供优质服务。主管税务机关要及时向纳税人发放汇算清缴的有关《表》、《证》、《单》、《书》。
各级税务机关对按规定受理的纳税人涉税审核、审批事项，均应按规定时间、程序，在纳税人年度申报之前办理完毕。
（2）受理阶段。主管税务机关应及时、认真审核纳税人报送的《年度纳税申报表》及有关资料是否齐全，并出具相应的受理凭证。
主管税务机关对应申报而未申报的纳税人，要认真调查核实，及时采取措施，杜绝汇算清缴的盲区或漏报户。
对纳税人不按规定期限办理申报、拒不申报，不按规定期限结清税款的，主管税务机关应依照《
中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关规定处理。
（3）审核阶段。主管税务机关对纳税人提供的申报资料是否齐全有效，申报的项目是否完整，是否符合逻辑和勾稽关系，是否享受了国家规定的优惠政策，是否符合减免税条件，是否进行纳税调整，适用税率是否准确等内容进行审核。
（4）结清税款阶段。主管税务机关经审核后，对纳税人预缴税款超过应缴税款的，应在规定期限内办理退税手续。
