创新大窑湾保税港区的运作方式、业务流程和监管模式，构建符合国际自由贸易港区通行做法，具有中国特色的保税港区。
一是创新管理体制。进行管理体制改革、运行机制创新，建立与保税港区建设发展相适应的海事、边检管理体制，海关、检验检疫部门联合办公机制，实现“信息共享，设施共用，并行管理”。拓展口岸功能和保税功能相结合的物流业务。开展内外贸同港运作试点。建立虚拟大关区或通过统一的东北关区代码，实现口岸与内地监管部门的职能、业务整合。
二是创新监管模式。通过实行风险管理，有效简化手续，实现“一线放开，二线管住，区内自由”，实现区港一体化。对不涉及到国家安全的货物不予限制，取消一线备案制，区内货物流通自由。外汇管理由直接管理向间接管理转变，强化预警机制。
三是创新管理手段。强化信息、信誉管理，以电子信息监管为主，物理隔离管理为辅，打造出成本最低，效率最高，通关最便捷的数字物流港。推进信息化建设，开发符合保税港区特点的信息化监管系统。
（三）发挥保税港区服务功能
最大限度地发挥大窑湾保税港区的服务功能，建立利益共享机制，带动东北地区的对外开放和经济发展。
全面发展港口作业、中转、国际配送、国际采购、转口贸易、出口加工、展示、离岸金融8个方面的业务。积极承接装备制造业、现代服务业等国际产业转移，重点引进一批国际知名的物流企业、航运企业、加工制造企业和跨国采购中心，大力发展软件、生物制药、电子信息、精密机床等高科技产业，加快油品、汽车、粮食、矿石、冷藏等物流基地建设。打造汽车零部件、钢铁、煤炭、木材、纸浆等商品集散地，逐步发展成离岸金融中心、国际中转中心，实现港口、航运、物流和加工产业联动发展，形成产业发展集聚效应。
“十一五”期间，初步形成保税港区基本功能构架，使大窑湾保税港区成为我国最富吸引力的保税港区之一；建设长兴岛保税物流中心和出口加工区，把长兴岛打造成与保税港区互动的出口加工型国际合作工业区；构建以大窑湾保税港区为龙头，以东北腹地保税物流中心和内陆干港为节点的东北保税物流网络。到2020年，推进大窑湾保税港区转型发展，建成具有中国特色的自由港，率先与国际接轨，向自由贸易区转型，顺应世界经济全球化和区域经济一体化的趋势，建立中日韩自由贸易区先行区。
七、大连国际航运中心建设的保障措施
（一）加快改革创新，优化发展环境
进一步优化所有制结构，深化国有企业改革，建立和完善港口企业国有资产管理体系。鼓励和引导优势骨干港口企业进行低成本扩张，培育具有国际竞争力的辽宁港口集团。促进民营经济发展，大力发展混合所有制经济。坚持科技创新，推进原始创新、集成创新，重视引进消化吸收再创新，建立以企业为主体，市场为导向，产学研相结合的科技创新体系。深化政府管理体制改革，创造廉洁高效的政务环境、公正透明的法制环境、公平守信的市场环境、规范有序的金融环境。加快社会信用体系建设，以政务诚信、商务诚信、社会诚信建设为重点，改善信用环境。
（二）加大开放力度，增强辐射能力
