清查2003年土地市场治理整顿以来的土地违法违规行为及2003年以前没有查处到位的违法违规行为。
清查的主要内容：
（一）非法占地：骗取批准、超占用地、未批先用
（二）非法批地：擅自批准占用土地、越权批地、违反法定程序批准占用征用土地
（三）非法转让土地
（四）破坏耕地
（五）其他类型土地违法用地行为
土地违法行为分类按照
国土资源部《查处土地违法行为立案标准》划分。
三、方法步骤
（一）宣传发动阶段（2006年9月28日前）
各县区政府要认真组织学习国务院国发〔2004〕28号、国发〔2006〕31号文件和
国土资源部《关于当前进一步从严土地管理的紧急通知》（国土资电发〔2006〕17号）、《
关于严明法纪坚决制止土地违法的紧急通知》（国土资电发〔2006〕22号）以及国土资源部、监察部《关于联合开展对土地市场治理整顿以来的土地违法违规问题及处理情况检查的通知》（国土资厅发〔2006〕66号），按照全市土地管理工作会议的部署和本方案的要求，结合本地实际，制定切实可行的工作方案。同时，要充分利用当地广播、电视、报纸等新闻媒体，加强政策宣传，营造良好的工作氛围。
（二）全面清查阶段（2006年9月29日至10月15日）
各县区政府要按照本方案规定的清查内容和范围，全面排查本行政区域内的各种土地违法违规行为，逐一登记造册，建立台帐，并于2006年10月15日前将《土地违法违规行为清查情况统计表》和《土地违法违规行为专项清查数据汇总表》上报市规范土地市场秩序领导小组办公室。
（三）自纠整改阶段（2006年10月16日至11月30日）
各县区政府在全面排查的基础上，对清查出的各类违法违规用地进行研究分析，区别不同类别、不同情况，拟定不同的解决办法，逐宗解决处理。对符合土地利用总体规划的依法处罚后补办用地手续；对不符合规划的，要区别不同情况，按照有关规定予以解决，妥善处理好历史遗留问题。对违法行为轻微、造成危害较小且能主动配合处理的，可以从轻处罚；对于违法行为严重、社会影响较大和造成严重后果的重大典型案件，要公开调查、公开处理、公开结果，并依法追究相关人员的责任。
