税务机关对审核通过的单位按以下规定进行处理：
(一)系统处理
对审批通过符合享受增值税优惠政策条件的三种单位，国税主管税务机关暂不在综合征管系统中进行资格认定。在机外填写纸质《资格认定申请审批表》留底备案，待综合征管系统有关模块升级后再补录到系统中。填写纸质备案时应在《资格认定申请审批表》中注明认定企业类型(“社会福利企业”、“工疗机构”、“特殊学校”等)，并详细填写残疾人安置比例、人数、月最低工资标准、年退税限额(取当地月最低工资标准×12×6的积与地区最高限额中的较小者)等。同时应在机外建立对企业的管理档案和电子台账，台账格式“见附件二：《福利企业 (工疗机构、特殊学校办企业)增值税退税分户台账》”，对企业申请认定情况做详细记录。
综合征管系统升级后，新的系统资格认定、安置残疾人员信息维护、重复安置处理、退税限额维护、退税台账管理、退抵税申请等具体操作规程另行规定。
对享受营业税优惠政策的单位，地税主管税务机关应将减征营业税的限额录入云南地税综合管理信息系统(MIS或数据大集中系统)，同时应在机外建立对企业的管理档案和减免税统计台账，对单位认定、招用残疾职工情况，实际享受营业税减税情况进行记录。
(二)确定每月增值税退税、营业税减税限额
增值税、营业税每月退(减)税限额＝(当地月最低工资标准×6)×安置残疾人人数，其中当地月最低工资标准×6×12大于或等于地区最高限额时，每月退(减)税限额＝地区最高限额×安置残疾人人数÷12。
(三)具体减、免、退税资格认定由县(市、区)级税务机关审批，认定程序暂由各地根据相关规定办理。
八、减、免、退税管理
(一)增值税退税、营业税减税办理程序。
1．通过减、免、退税资格认定的企业，自审批通过的次月起，随纳税申报一并书面申请享受增值税退税和营业税减税。
2．单位申请按月退税或减税时，应向主管税务机关报送退税或减税所属月份以下资料：
(1)退税或减税申请；
(2)单位所有职工名册(包括未签定协议的雇员)；
(3)单位为安置残疾人缴纳的社会保险费用的凭证；
(4)盖有银行等金融机构章戳的职工代发工资名册(单位应将一般职工和残疾职工代发工资名册分类造册)；
(5)税务机关要求报送的其他资料。
3．主管税务机关对照单位资格认定时申报的残疾人名单即残疾人联合会和民政部门传递过来《残疾人证》和《残疾军人证》电子信息(以下简称“备查名单”)及企业缴纳社保费用和支付工资的有关凭证资料进行比对，对下列情况不予计算当月安置残疾人数：
