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（二）精心组织，科学实施。一是要继续推行分级分类检查。按照生产规模及纳税额大小对辖区内企业进行科学分类，统筹安排市、县稽查部门力量，合理安排各级检查任务。二是要认真研究制定税收专项检查工作计划和检查实施方案，按月安排检查行业和检查重点企业，综合利用现有征管资料，对选定的行业和地区总体情况进行梳理和分析，科学筛选检查对象，明确检查重点及要求。在选案过程中，对跨区域经营的大企业，有关部门要加强工作衔接和配合，避免重复检查。三是要按照查深查透的原则，灵活运用交叉检查、集中检查、下查一级等方式方法，提高工作效率。
（三）注重协调，增强合力。一是要注重系统内外的部门合作，既要加强内部稽查、征管、税政等部门的协调配合，又要密切与异地国税机关、地税、公安、检查、法院、海关、工商、银行等部门的沟通协作，建立联合打击税收违法犯罪的工作机制，有效形成执法合力。二是对检查未发现“偷、逃、骗、抗”等涉税违法行为但存在跨国关联交易转让定价避税问题的外商投资企业，要及时移交国际税务管理部门进行处理。三是要高度重视案件协查工作，保证协查回复的及时性和准确性，以利于检查工作顺利开展。四是要积极向当地党委、政府汇报税收专项检查工作进展情况，及时请示，争取支持，确保专项检查工作顺利进行。
（四）以查促管，标本兼治。各级国税机关要本着依法治税、标本兼治的原则，建立健全“以查促管、以查促查”的长效机制，探索研究宏观分析机制、个案分析机制、延伸检查机制、稽查建议机制等工作制度。在依法查处税收违法案件的同时，摸索发案规律、特点和新的动向、趋势，分析税收征管薄弱环节和税收政策缺陷，提出切实有效的整改措施和完善建议，真正实现整顿和规范行业、地区税收秩序的目的。
（五）加强督导，严格考核。要认真研究总结税收专项检查的督导协调、考核考评和报告督办等工作机制，尽快形成一套完整规范的税收专项检查工作制度。上级税务机关要及时组织督导组、复查组，定期对税收专项检查工作进展、查补税款入库、税务行政处罚情况以及稽查建议、征管整改工作进行督导检查，发现问题及时纠正，遇到困难及时协调解决；将税收专项检查工作纳入日常考核，制定科学合理的综合考评指标，对考核结果在系统内进行通报。下级税务机关要对查处的大要案件和工作中遇到的问题、困难及时请示上报，便于上级机关分析发案规律和特点、及时调整工作思路和方法，进行有针对性的督促指导。
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