全市各级爱国卫生运动委员会办公室组织开展全市范围内的爱国卫生运动，及时彻底清除垃圾废物、卫生死角，保持整洁的卫生条件。搞好健康教育和健康促进，普及病媒生物传染病的防治知识，提高群众卫生防病和自我保健的意识。负责动物无害化处理工作。
五、市政府新闻办
协调各级新闻发言人准确、及时发布人禽流感信息和预防控制措施，为境内外记者采访提供方便，保障人民群众知情权；协助做好群众防病知识宣传，提高市民自我防范能力。引导我市各类新闻媒体正面宣传人禽流感防控知识，避免引起市民心理恐慌。
六、市外办
负责协调在深外籍人员人禽流感防治工作；协助市政府新闻办等部门为境外媒体提供必要的服务。
七、市发展改革局
负责全市防控禽流感及人禽流感药品及医疗器械等重要物资的储备工作。
八、市贸工局
牵头会同市发展改革局、市卫生局、市食品药品监督管理局、行业协会以及事件发生地的区政府等相关单位组织生产、配送、调拨、监管、征用药物、器械、救援防护设备等各类应急物资。
九、市教育局
负责做好学校、托幼机构的传染病防控和健康教育工作；负责落实学校内的控制措施；按相关要求，落实学校停课、停学等措施。与市卫生局保持沟通联络。
十、市科技信息局
组织科技力量协作攻关，支持对人禽流感的预防控制、临床治疗、实验室检验等科学研究。
十一、市旅游局
负责做好对游客的健康教育宣传，督促涉外宾馆、酒店做好日常预防消毒工作。
十二、深圳出入境检验检疫局
加强对出入境人员卫生检疫工作。在口岸加强体温监测及医学巡查，发现有可疑症状的病人，及时隔离，并通报卫生部门；对病人的接触者、污染物及其污染区域立即进行严格消毒处理。
十三、市交通局
负责督促深圳铁路、机场（集团）有限公司和各运输单位落实各项预防措施，对发现的有可疑症状的病人及时报告卫生部门；必要时协助疏散人员、运送救援物资。
十四、市人事局、市劳动保障局
