二、内设机构
根据上述职责，梅山岛开发建设管委会设6个职能部门。
（一）办公室（中共宁波市委梅山岛开发建设工作委员会办公室）
协助管委会、党工委领导处理机关日常事务；负责重大活动、重要会议的组织安排；负责文秘、档案、保密、信息、信访和政策调研工作；负责有关决议、决定等的催办、督办；负责机关办公自动化网络建设和管理；负责行政后勤和来宾接待工作；提出加强党的思想、组织、作风建设的意见和建议；负责和指导党的基层组织建设，负责党员的管理和发展工作；负责精神文明建设、对外宣传与联络协调和群团工作。
（二）经济发展局（统计局）
拟定经济发展规划及产业、行业结构调整规划和年度计划，并做好组织实施和监督工作；负责投资项目立项、可行性研究报告、合同章程等审核报批工作；编制外经外贸发展规划和年度计划，组织协调进出口贸易、对外经济技术合作和其他涉外经济活动；负责科技进步、物价管理、统计、外事等相关工作。
（三）投资合作局
拟订投资鼓励政策，负责投资环境、政策的对外宣传工作；负责招商引资和企业服务工作；负责对驻外商务办事机构的协调和服务管理工作。
（四）建设管理局（宁波市规划局梅山岛分局）
负责建设项目的审核报批及验收；负责管理建筑市场，监管工程质量；负责建设工程招投标和房屋权证登记等工作；负责审核工程预决算、定额管理工作；负责区域内城建监察、测绘勘测和市政公用设施、园林绿化、环境卫生的管理工作；负责水利等基础设施以及公共设施的建设、管理；负责建设项目环境评估等环境管理工作；受委托编制区域内的总体规划、分区规划、详细规划及其他专项规划，负责规划实施的监督检查；办理“一书两证”（建设项目选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证）；组织实施村镇规划。
（五）口岸事务管理局
参与研究制定口岸开放和发展规划，并组织实施；负责区域内口岸、海防和打私工作的综合管理与组织协调工作；检查、督促口岸查验配套设施建设工作；检查、协调和监督有关部门设在梅山岛区域内的分支机构或派出机构工作；接受国家、省、市口岸管理部门的业务指导，并负责与上级相关职能部门的联系工作；参与港口建设与海洋管理，并做好相关协调工作。
（六）财政局（审计局）
负责贯彻执行国家财政工作的法律、法规和方针、政策；负责财政资金使用的调控和监督；筹集安排并核算监督使用开发建设资金；负责基本建设项目财务管理；负责国有、集体资产的管理和监督；负责管委会本级财务管理；指导、监督集体经济的财务、统计工作；负责对企业的财务监督和指导；负责相关审计工作。
