铁路交通--构筑覆盖区域所有各市、60%县区的铁路网。至2010年完成福厦铁路、厦深铁路、厦龙铁路、向瑞线、向永线等建设项目。其中厦深铁路将途径十三市中的六个城市，投资概算为300亿元，全长550公里，该铁路建成后，将打通我国东南沿海的铁路干线，盘活沿线港口资源，促进闽西南经济区进一步迈向国际化市场。
水路交通--构筑以厦门港为龙头、各港分工明确的区域沿海港口群。力争厦门港至2010年货物吞吐量达到1.2亿吨，集装箱吞吐量达到1000万标箱。要加快厦门港经济合作步伐，共同研究厦门港总体规划，在航道、锚地、航标的建设、维护、管理等方面进行分工合作，实现做大做强厦门港的最终目标。
航空运输--区域内有厦门机场、晋江机场、龙岩连城机场、赣州黄金机场、汕头机场等；“十一、五”期间要争取各机场间每日互开航班，争取厦门机场三期建设开工，实现年吞吐能力1500-1700万人次，成为华东地区重点干线机场。
闽粤赣十三市区域交通“十一、五”发展规划实施后，建成高速公路总里程5516.282公里，通达市县（区）84个、通达率75.7%；铁路总里程3573.392公里、通达市县（区）67个、通达率60.4%；机场7个。基本形成区域陆海空立体交通网络。
2、加快厦门港港口经济合作。
（1）加快港口基础设施合作建设。
加快厦门港码头设施、深水航道和集疏运通道系统的合作建设，推进厦门国际港务股份有限公司与招商局漳州开发区合作开发第四区的步伐，推动能源、矿建码头建设，不断完善厦门港各项基础设施。
（2）开展以临港工业经济、配套产业经济为构架的港口经济合作。
厦门港临港产业发展以港湾为条件，以重工业为主体，开发大运量、大产业、高投入、高附加值的产业群。按照“区域划分、梯度推进、分期实施”的要求，近期重点发展厦门港南北两岸的海沧、招银港口产业区，重点推动石化、船舶修造、房地产、仓储物流产业；中期重点规划发展海沧开发区、龙池开发区、东园开发区及招商局漳州开发区；远期统一规划发展海沧、角美、港尾、后石等七个乡镇区划内的临港产业。要打破现有行政区域界限，实现产业政策异地共享，做到产业利益合理均占。
（3）完善港口区域集疏运体系，拓展厦门港经济腹地。
近期重点建设厦漳跨海大桥、同三高速公路连接线、厦成高速公路厦门海沧-漳州段、环九龙湾滨海大道等公路项目。开展厦深铁路、龙厦铁路及港尾疏港铁路支线等铁路项目的建设工作，形成以港区为中心的大流量交通网络。同时，大力发展与港口经济有关的现代物流业，不断完善区域集疏运体系。
（4）提高港口区域开放度，发展国际中转业务。
在口岸通关便利化、贸易便利化、金融结算便利化等方面争取“先试先行”，提高厦门港及周边区域的经济开放度，发展国际中转业务。全港远景目标为货物吞吐量2.6亿至2.9亿吨，集装箱吞吐1700万-1900万标箱的能力，跨入世界强港行列。
（三）加强产业合作，推进区域产业集群的培育与发展
以闽西南五市为重点，大力开展区域产业合作：建立制造业协作配套联席会议制度，设立各产业协作配套联络机构，形成协作配套工作机制；搭建协作配套平台，建立稳定的产业链对接延伸和项目汇集、发布机制，首先培育和发展电子信息、机械、化工、冶金、医药和轻纺六大区域产业集群，建设区域制造业中心，引导产业集聚，增强区域制造业整体竞争力。
1、电子信息产业：电子信息产业是厦门的支柱产业之一，产业集群发展的现实条件和前景相对优越，是区域产业集群发展的重点。应引导泉漳等地的电子信息产业大力发展各类配套组件的生产。通过这种产业合作，不断强化以厦门为中心的沿海产业的带动和辐射功能，实现沿海产业向周边转移、周边资源向沿海集聚，在周边地区建成产业转移的接纳基地、主导产业的配套基地和基础产业的供应基地。
2、化工产业：厦门化工产业起步较晚，但发展较快，拥有柯达、翔鹭、正新等在全国同行业居领先地位的优势企业，形成精细化工产品产业链和橡胶制品产业链。“十一五”期间，应依托产业集群重点发展合成纤维、塑料加工、感光材料、精细化工等系列产品链。延伸厦漳交通线的中下游产品产业链，不断完善产业布局。同时，应通过提高产业配套能力，大力发展省内外市场紧缺、附加值高的精细化工产品，迅速形成产业集聚，壮大产业集群。
