以闽西南五市为重点，发展区域产业合作。建立制造业协作配套联席会议制度，设立各产业协作配套联络机构，形成协作配套工作机制；搭建协作配套平台，建立稳定的产业链对接延伸和项目汇集、发布机制，首先培育和发展电子信息、机械、化工、冶金、医药和轻纺六大区域产业集群，建设区域制造业中心，引导产业集聚，增强区域制造业整体竞争力。
（二）交通合作
在符合中长期规划要求、符合区域经济发展要求的原则下，认真贯彻《推进闽粤赣十三市协作区交通发展实施意见》，以港口、铁路、高速公路、高速公路联对通道建设为重点，加快构筑“畅通、安全、高效、舒适”的综合交通运输体系，增强对内对外交流能力。
（三）港口经济合作
通过港口业合并合作，加强港口业各方面的管理与建设，把厦门港建设成为海峡西岸的国际集装箱枢纽港、航运中心和国际物流中心。开展以临港工业经济、配套产业经济为构架的厦门港港口经济合作，由厦门、漳州、招商局三方合作，南北呼应，整体推进，以港湾为依托，以重工业为主体，开发大运量、大产出、高投入、高附加值的产业群。同时，发展临港房地产、船舶重工、制造业、化工工业等产业项目，做到产业政策异地共享、产业利益合理均占。
（四）统一市场建设
加强厦门与各市之间的商贸沟通和信息交流，建立十三市商贸协作平台，由十三市轮流牵头，召开联席会议，商讨商贸流通合作。建立十三市商贸联系网络，逐步形成区域统一市场。厦门要与周边地区共建可为跨地区人才流动、产权重组、异地并购、产权交易等活动创造条件的人才共同市场和统一的产权市场。运用市场经济规律打破行政区划的资源局限，促进生产要素跨区合理流动和资源的有效配置。
（五）生态环境保护与水资源开发合作
“十一、五”期间，要继续加强区域环保工作的协调与合作，加强生态环境保护与建设，制定相关的环保经济政策，对区域内资源开发和生态环境进行综合管理，尤其要加快对九龙江流域开发与生态环境保护的立法和治理资金的管理工作。要建立为厦门市经济可持续发展提供水资源保障的协调机制，加强厦漳两市水资源利用的合作。建立海洋综合管理协调机制，加强海洋和渔业合作。
（六）社会发展合作
社会和人的全面发展是闽粤赣十三市经济协作区建设的根本目的。要以人为本，全面发挥人才作用，提高区域创新能力，不断改善公共服务，加强人力资源合作与科教合作共同促进社会发展，逐步形成人尽其才、创新活跃、文化繁荣、卫生安全、保障有力、和谐稳定的社会发展局面。
四、区域经济合作培育与发展主要途径
目前，厦门与周边城市的区域经济合作有五个平台，即闽粤赣十三市区域经济合作、闽西南五市区域经济合作、厦漳龙山海协作、厦泉漳城市联盟和厦门港港口经济合作。各个平台对于厦门来说，联系紧密，各有不同的侧重点，成为培育和发展区域经济合作的主要途径。
（一）闽粤赣十三市区域经济合作，近几年主要以发展交通、旅游和物流为重点，共同推出《推进闽粤赣十三市区域经济合作行动纲领》，展开全面合作。
（二）闽西南五市区域经济合作，近几年主要以产业协作配套、旅游合作、物流合作、共建市场、环境保护为重点，共同推出《推动闽西南五市区域经济合作行动宣言》，展开全面合作，注重加强与周边各市（县）的合作。
（三）厦漳龙山海协作，近几年以促进山区和沿海连成一体，推进和谐社会发展为主题，进一步从重点支持山区开放开发向重点促进山海互利双赢转变、从以商贸协作为主向经济社会全面协作转变、从以省内协作为主向省内省际双重协作转变。
