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--重点突破原则。立足我市实际，坚持"有所为，有所不为"，集中力量，重点抓好一批带动强、影响大、作用突出的重大科技专项，培育具有牡丹江特色的高新技术产品群、企业群。
--以人为本原则。充分体现尊重劳动、尊重知识、尊重人才、尊重创造的方针，发挥创新型人才在科技发展中的核心作用，激发科技人员的创业热情和潜能；大力普及科学知识，全面提高公民科技素质。
--企业主体原则。着力构建以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系，使企业真正成为研发投入的主体、技术创新活动的主体和创新成果应用的主体。
--资源整合原则。通过体制机制创新，把全市的科技资源集成整合起来，优化科技力量布局和创新资源配置，提高科技活动的效率和效益。
--对外开放原则。充分利用国内国际两种资源，扩大和深化对外科技交流与合作，吸引和利用国内外先进科技成果和科技资源，加强消化、吸收、再创新，借助外力提高创新能力。
（二）奋斗目标。
根据全面建设小康社会和中长期经济社会发展战略需求，确定我市中长期科技发展的两个阶段性目标：
1.到2010年，科技综合实力明显提升，主要科技指标居全省前列，成为全省科技强市，为打造创新型城市奠定基础。
--建成国家级工程技术研究中心1-2个，省级工程技术研究中心3-5个，成为我省重要的科学研究与技术创新基地；建立8家企业孵化器，力争有5家企业孵化器进入省级行列，争取2个县（市）、区生产力促进中心进入省级示范中心行列。科技创新体系进一步完善。
--每年组织实施100项重点科技攻关项目，开发100项新产品，使科技对经济增长和产业升级的促进作用得到充分发挥。
--完成高新技术产业化项目100项，建立一批高新技术产业化基地和高新技术企业集团，高新技术产业产值年均增长30%以上，达到240亿元。
--农业优良品种覆盖率达到90%，农业科技成果转化率达到80%以上，农业科技进步贡献率达到55%以上，农业综合发展水平居全省前列。
--全市民营科技企业发展到500家以上，民营科技企业技工贸总收入突破100亿元，成为我市经济发展的重要增长点。
--全市R＆D（研究与发展）经费占地区生产总值的比例达到2%以上，高新技术企业研发投入占销售收入的比重达到5％以上，企业R＆D投入占全社会R＆D投入的比重超过60％，科技进步贡献率达到52%以上。
--专利申请量年均增长15%以上，重点推广科技成果及使用新技术达到100项，力争有5－8户企业进入省级专利试点企业和专利产业化示范企业。
--科技人才队伍素质明显提高，高技能人才队伍进一步壮大，科技中介服务队伍取得新进展，人才政策环境更加优化，公共科技素养达标率超过6%。
2.到2020年，自主创新能力显著增强，科技促进经济社会发展的能力显著增强，高技术和应用基础研究综合实力显著增强，高新技术产业成为支撑经济社会发展的重要力量，取得一批具有重要影响的科技成果，科技进步贡献率达到65%以上，形成结构合理、重点突出的科技发展格局，成为创新型城市。
（三）发展方向。
1．农业。
按照建设社会主义新农村的要求，围绕绿色、畜牧、外向三大优势，做强肉牛、生猪、果菜、食用菌四大主导产业，以高新技术带动常规农业技术升级，持续提高农业综合生产能力，促进农业增效、农村发展、农民致富。
--种植业。重点研究主要农经作物、园艺作物种质资源创新及新品种引进和选育，主要农作物高产栽培技术，土壤培肥与高效利用技术，高效施肥技术，新型肥料生产技术，植物病虫害防治技术。
--养殖业。重点研究品种改良与繁育技术，优质胚胎移植技术，饲料加工与饲养环境控制技术，饲草与饲料作物培育技术，畜禽水产品疾病防治技术，畜牧业安全生产技术，畜禽粪便资源化处理技术。
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