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（一）指导思想
以邓小平理论、“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观统领全局，认真落实建设创新型国家战略决定，省委、省政府建设海峡西岸经济区的战略部署和市委市政府建设科学技术创新型城市的战略目标，全面贯彻“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”的指导方针，大力推进科教兴市、人才强市和可持续发展战略，启动一批促进厦门市经济社会发展的重大科技课题，以科技进步为动力，以增强自主创新能力为核心，以高新技术推广应用为导向，以实施重大科技项目为载体，以区域科技创新体系建设为保障，以对外、对台科技交流合作为手段，促进经济结构调整、实现经济增长方式转变，引领经济社会协调发展，为推进厦门市新一轮跨越式发展和建设海峡西岸重要中心城市提供强大科技支撑。
（二）发展目标
到2020年，厦门市科学技术发展的总体目标是：坚持科技强市发展战略，建立和完善适应社会主义市场经济需要、符合科学发展观和科技自身发展规律的区域科技创新体系；优化资源配置和创新环境，发展重点领域和产业前沿技术，形成结构合理、重点突出的科技发展总体布局；综合科技进步水平指数进入全国前列，建设成为科学技术创新型城市。
近期（2010年）目标：科技综合实力显著提高，创新能力明显增强，基本建成具有厦门特色的区域科技创新体系，成为重要的高新技术研发生产基地、对台科技交流合作基地。财政科技投入占财政支出的比例逐年增加，2010年，规模以上工业企业研究开发经费投入占国内生产总值比重的2.5%，发明专利授权量实现翻一番，科技进步贡献率60%，高新技术企业完成工业产值占规模以上工业总产值的68%，高新技术产品出口额占出口商品总值比重的45%，新兴产业年销售收入达千亿元以上，成为新的经济增长点。建立和完善企业科技创新环境，提高企业的技术创新能力，形成一批有较大影响力的自有品牌产品，建设一批产学研相结合的研发中心，引进一批内外资研发机构，培育一批具有自主知识产权的中小科技企业，组建一批公共技术服务平台，加快发展科技型中小企业。全市技术交易额和科技中介服务收入稳步上升，科技队伍明显壮大，造就一批对重大科技问题进行学科交叉研究的创新团队，社会发展各个领域的科技水平明显提升，奠定建设科学技术创新型城市的基础。
中远期（2020年）目标：自主创新能力全面提升，区域创新体系完善，涌现一批具有自主知识产权和国际竞争力的产品和产业，率先建成科学技术创新型城市，规模以上工业企业研究开发投入占国内生产总值比重的3.0%，科技进步贡献率达到65%。力争在光电子、软件和生物医药的核心技术领域重点突破，开创具有厦门市特色的海洋、生物、能源、新材料等未来产业新领域，成为海峡西岸先进制造业及高新技术产业的最佳研发基地，在海峡西岸发挥科技龙头带动作用。具体包括以下四方面：
一是全面提升自主创新能力，形成结构合理、重点突出的科技发展格局，取得一大批具有自主知识产权和市场前景的科技成果，引领和支撑产业发展。制造业部分核心技术和工艺装备达到国际先进水平；推广应用农业技术，农业科技实力提升；信息服务完善，服务水平进入国家先进行列，建成科学技术创新型城市。
二是科技促进资源节约与循环经济发展，资源利用效率显著提高，单位综合能耗达到国际先进水平，环境污染治理和生态修复关键技术领先，使科技成为建设资源节约型和环境友好型社会的主要推动力量。
三是培养造就一批学术和技术领军人才和科技型企业经营管理人才。鼓励社会力量兴办科普事业，形成政府主导、社会参与、科技英才辈出、全民科学素质普遍提高的工作格局。公民科技意识明显增强，科技成为和谐社会建设的重要组成部分。
四是全面建成企业技术创新主体地位明确、产学研紧密结合、科技中介服务完备、科技资源配置合理、科技创新文化环境良好、政府科技管理体系运作高效协调的、具有厦门特色的区域科技创新体系。
（三）总体部署
未来十五年要坚持以人为本与协调发展、产业优先与企业主体、自主创新与突出重点、政府主导与市场配置相结合的原则，实现厦门市科学技术发展的总体部署。
一是促进科技产业化和产业科技化。立足厦门市情和社会需求，以应用为导向，加强产业共性关键技术攻关。未来十五年，每年争取若干个国家级科技重大专项，安排一批市级科技重大专项和重大科技工程建设项目，重点推进战略产品的研发与产业化；促进科技成果转化，从本规划的七大重点领域中，选择任务明确、可以提升产业技术的项目重点安排；以科技进步增强产业集群的竞争力，发展新兴产业；突破资源环境瓶颈，推动经济社会可持续发展。
二是不断提高自主创新能力。围绕厦门市重点高新技术领域，每年安排一批自主创新项目，按照国际、国家、省市技术先进性标准和成熟度，分批确定优先主题重点扶持，通过原始创新、集成创新和引进、消化吸收再创新，掌握更多核心技术和自主知识产权，在产业前沿技术上有所建树。
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