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1.对用票资格的核查
纳税人工商营业执照是否注明农产品收购业务，有无固定经营场所和相应的仓储设施，会计核算是否健全，是否建立存货领用存制度和收发存货手续，收购的农产品是否属于税收政策规定的免税农产品等。
2.对收购发票的核查
（1）纳税人是否按规定领购、保管收购发票；
（2）纳税人收购发票开具是否规范，票面项目如出售人姓名、身份证号码、地址内容填写是否齐全；
（3）对收购发票上的供货人特别是大宗业务的供货人身份进行确认，核实纳税人是否存在零星收购、汇总开票或者从农业生产单位购进农产品、向非农业生产者购进农产品超范围使用收购发票问题；
（4）收购发票上的收购数量、金额与过磅单、检验单、入库单等收购过程中内部形成的其他书面凭证上的数量、金额是否相符；
（5）对纳税人购进农产品取得专用发票抵扣联滞留票信息与开具的收购发票进行比对，核查企业是否存在取得专用发票不抵扣税款而重新开具收购发票多抵扣税款的问题。
3.对货物的核查
（1）调查收购渠道，根据收购凭证的记载，对供货人的身份、销售数量、销售价格等情况进行核对，核实购进成本的真实性；
（2）纳税人的生产能力、资金规模、仓储能力及辅助材料、燃料、水电、工资等支出与其收购、加工、销售业务是否匹配；
（3）通过对纳税人进行实物盘点，审核其账面库存与实际是否相符，农产品购进、耗用数量是否匹配；
（4）运用投入产出法，根据建立的评估指标体系和各类产品的消耗定额，实行以进控销、以销核进，核实纳税人产成品产量和农产品原料耗用量是否真实。
4.对资金的核查
（1）当期收购数量、金额与当期现金、银行存款的变动是否相符，是否存在虚增收购数量、价格的问题；
（2）收购农产品是否及时付款、付款方向与供货人是否一致；
（3）当期现金支付货款与其现金来源数额是否匹配；
（4）应付账款对应的农产品收购业务是否属实。
5.对收购价格的核查
将纳税人农产品收购价格与本地平均收购价格进行比较，核查是否存在虚增收购价格、虚抵进项税款的问题。
6.对成本费用的核查核查企业费用列支是否真实，有无虚列成本费用或少计收入的现象，尤其是纳税人取得发票是否真实、合法，是否将不符合规定票据列支成本费用；是否存在有意虚报职工人数，虚列工资及三项费用的现象。
7.对销售收入的核查
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