市防总下设办公室和专家组。市防总办公室（以下简称“市防办”），作为市防总的办事机构，设在市水利局，其主任由市水利局分管领导担任。专家组由市防总根据需要在每年汛前聘请具有高级职称的有关水利、建筑等方面的专家组成，其主要职责是：对发生或可能发生的工程险情、水旱灾情进行初步研判与评估，为市防总提供决策建议，必要时参加突发性水旱灾害的应急处置工作。
县、区应急委员会亦相应设立县、区防汛抗旱应急指挥部（即县、区防汛抗旱指挥部，以下简称“县级防指”），由有关部门、当地驻军及人民武装部组成。由县（区）政府主要领导任指挥，各有关单位的领导任成员。市政府有关部门、单位可根据需要设立防汛抗旱应急指挥机构。
2.2 职责任务
2.2.1 市防总主要职责
负责领导组织全市的防汛抗旱工作。督促全市防洪规划的实施；执行上级防汛指挥调度指令和经批准的防御洪水预案、度汛方案、洪水调度方案，实施防汛指挥调度；实施汛前检查和清障，督促有关部门及时处理影响河道安全度汛的有关问题；组织建立与防汛抗旱有关的气象、水情预警信息系统，负责发布全市汛情通告，宣布进入或者结束紧急防汛期；负责防汛抗旱经费和物资的筹集、管理和调度；检查督促防洪抗旱工程设施建设和水毁工程的修复等。
2.2.2 各成员单位主要职责
市水利局：负责所辖工程的调度和安全运行，组织指导抗洪抢险和抗旱工作和水毁防洪排涝工程的修复，组织水利工程技术人员参加市防总专家组。
市发改委：安排水旱灾害防御工程建设项目，负责水毁工程修复所需基建资金的筹集。
市经贸委：负责协调企业搞好防汛抗旱应急工作，统筹安排防洪、排涝、抗旱用电；负责灾区及灾民的工业生产救济工作。
市财政局：负责筹集防汛、抗旱资金，并监管其使用。
市公安局：负责维护防汛交通、抗洪抢险秩序和灾区社会治安工作。紧急防汛期间，协助组织群众撤离和转移。打击盗抢防汛抗旱物资和破坏防洪、排涝、抗旱工程设施的犯罪分子。做好防汛抗旱的治安保卫工作。负责防汛期间的交通管制工作。负责所辖水域水上治安保卫工作，维护河道正常秩序，配合水利部门依法拆除妨碍行洪安全的建筑物及河道清障工作。
市民政局：负责灾区及灾民的生活救灾、救济工作，做好灾情调查、统计及核实，及时向市防总上报灾情，并积极争取上级支持。
市交通局：负责所辖水运、公路交通设施、工程、装备的防洪安全，优先运送抢险、救灾等人员和物资、设备，保障抗洪抢险物资、人员的运力。配合水利部门做好汛期通航河道的堤岸保护。
市卫生局：负责组织灾区卫生防疫、医疗救护及药品保障工作。
市国土资源局：负责对重大的山体滑坡、崩塌、地面塌陷、泥石流等山地灾害的监测、预防、预警工作，负责编制全市山地灾害防治方案，及时向市防总报送山地灾害易发地的信息。
市市政公用局：负责监督检查城市防洪安全和城区排涝，保障城市供水安全。
市农业局：负责灾后农业救灾、生产恢复及所辖农场的堤防建设、管理和抗洪抢险工作；负责灾区及灾民的农业生产救济工作。
市林业局：负责抗洪抢险所需木材、毛竹的供应及所辖农场的堤防建设、管理和抗洪抢险工作。
市建委：负责灾区工业与民用建筑的损害评估及水毁工业与民用建筑工程的修复工作，组织岩土、建筑、结构、设备等专业工程技术人员参加市防总专家组。
市监察局：负责督查防汛责任制、防汛纪律的落实，对违纪情况进行查处。
市劳动局：负责市属有关企业抗洪抢险人员的组织调度工作。
市安监局：监督检查市属有关企业汛期落实安全防范措施，参与协调重大防汛安全事故的调查处理。
市气象局：负责监测天气形势，做好灾害天气的分析预测、预警，向市领导和市防总滚动预报灾害天气。
南昌水文局：负责监测江河湖的水位变化，及时向市领导、市防总提供水文预测预报信息，确保水情专网的安全正常运行。
市城市执法局：负责组建一支抗洪抢险应急队伍。
市农办：负责组织灾区群众恢复家园和生产自救工作。
市商贸委：负责组织、督促市属商贸企业做好防洪抢险及救灾期间的物资器材的后勤供给工作。
市粮食局：负责抗洪抢险所需麻袋、灾民救济粮供应和水患粮食的安全转移工作。
市人事局：负责市直机关抢险突击队的组织调度工作。
市委宣传部：负责全市防洪抗旱工作的对外宣传，授权发布防汛抗旱的有关命令等。
南昌警备区：组织指挥驻昌人民解放军、民兵预备役参加抗洪抢险救灾，营救和转移受困或危险区群众，转移危险区重要财产、物资和危险品，协调有关工程部队执行分洪爆破任务，负责向上级申请对本市抢险救灾实施的水、陆、空支援。
预备役师高炮团：负责组织一支防洪抢险应急队伍。
