（1）区域内科研机构和科技人才队伍规模小，总体层次不高。市属科研机构的科研开发能力和自我生存能力普遍脆弱；企业自主开发能力与创新水平较低。
（2）科技创新能力不强，具有自主知识产权的科技成果不足，发明专利申请量偏少，企业运用知识产权制度参与市场竞争的能力不足，自主知识产权的核心技术匮乏。
（3）高新技术产业整体实力较弱，对经济发展的带动作用不够明显。
（4）高层次科技人才缺乏，科技服务体系和科技基础设施建设尚需加强，区级科技管理机构不健全，影响全市科技进步先进市的创建工作，全市科技综合实力有待进一步提高。
（5）科技中介服务机构不健全，实验室、图书文献信息中心等科研开发基础设施不完善，服务能力不强。科技推广和科技知识普及网络不完善，科技转化率低。
（6）科技投入不足，科技资源配置还不尽合理，科技部门掌握的资源有限，技术力量不足，宏观调控力度有限。
二、指导思想、主要目标与基本思路
（一）指导思想
全面贯彻落实全国科技大会精神及中央关于自主创新的一系列重大方针政策，按照国家增强自主创新能力、建设创新型国家的总体部署和实施
国家中长期科学和技术发展规划纲要的要求，坚持自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来的方针，把增强我市自主创新能力作为科技发展的战略基点，以提高企业创新能力拥有自主知识产权，提高产品的科技含量、增强核心竞争力为目标，通过突出抓创新，重点抓产业，着力抓环境，加快发展高新技术产业，改造和提升传统产业，培育新兴产业，推广农村先进适用技术，加强农村科技服务体系建设，不断提高科技进步对经济增长的贡献率，不断提升我市综合竞争能力，促进经济社会全面发展。
（二）主要目标
科技自主创新能力显著增强，科研综合实力和科技成果转化能力显著增强，取得一批在国内外具有较大影响的科技成果，拥有一批自主知识产权，实施一批带动产业发展的高新技术项目，科技促进经济社会发展的能力显著增强，科技进步对经济的增长的贡献率提高到55%，进入全国创新型城市的行列。
1.大力实施科教兴市和人才强市战略，完善城市创新体系，全市技术创新能力在“十一五”末期达到全国省会城市的中等水平，通过全国科技工作先进市考核，争创全国科技进步先进市。
2.建设和完善自主创新基础设施和自主创新运行机制。建设一批公共实验中心、联合工程中心和网络化“虚拟实验室”，建设完善的覆盖全市的自主创新文献信息保障系统。实现科技创新资源的社会化，建立良好的资源与信息共享机制和竞争机制，创造富有活力的自主创新环境。
3.大力扶持发展一批高新技术企业，实施高新技术项目150项，培育高新技术企业130家，开发具有自主知识产权的高技术、高附加值产品100项，实现高新技术产业产值200亿元，占工业总产值的比重达60%以上。
4.创造更多拥有自主知识产权的技术和产品，拥有知识产权示范企业10家，保护知识产权示范店10家，专利申请量年均增长15%以上；争创中国驰名商标12件以上。
5.逐步建立和完善市级科技创新平台，培育省级重点企业工程技术研究开发中心40家，设立市级重点实验室及工程技术研究开发中心20家和技术创新示范企业20家。
6.建成全社会、多渠道、多层次的科技创新资金投入体系，逐年增加科技经费的投入，到2010 年全社会研发经费的投入占GDP比重达到2%以上。
7.完善与新农村相适应的农业科技推广服务体系，全市23个乡镇建立农业科技服务点和智能化农业专家系统；建立农业科技示范村100个，科技示范基地50个。
8.培养和造就一批具有创新意识和创新能力的高素质科技人才，科技人才队伍不断壮大，市民科技素质显著提高，科技创新的社会环境进一步改善。
（三）基本思路
围绕“提高科技自主创新能力和支撑服务作用，建设创新型城市”这条主线，以提高企业自主创新能力、拥有一批自主知识产权为目的，重点完善建立海口国家863生物医药成果产业化、都市型农业科技研发示范、热带海洋生物研发转化三大科技基地；加快构建科研开发、成果转化、农业科技服务、对外合作交流、科学普及五大科技平台；积极培育新医药、食品饮料、机械制造、电子信息、石油天然气、生态环保六大科技产业；在生物医药、新材料、循环经济关键技术、农业高新技术、海洋开发技术、交通物流与航天后勤保障、社会发展领域实施七大类研发专项；深入落实切实加强领导、创新体制、营造良好社会氛围、加大科技投入力度、加强人才队伍建设、实施知识产权战略等六项措施。
三、重点任务
