州发展计划委员会：负责动物防疫基础设施建设的规划、计划；安排紧急防疫物资储备、调运的计划安排。
州财政局：负责安排紧急动物防疫储备金和紧急防疫物资储备所需资金，加强防治经费管理和监督。
州民政局：负责疫区受灾群众的安抚和救济工作。
州交通局、伊宁机场：负责优先运送控制疫情人员、物资、药品和器械，配合动物防疫或动物防疫监督部门做好依法设立临时动物防疫监督检查站和对疫区的封锁工作，凭动物防疫部门出据的检疫合格证明承运动物及动物产品。
州公安局、武警伊犁州支队、武警8660部队：协助做好对疫区封锁、疫点内病畜（禽）及同群畜（禽）的扑杀处理及疫源调查；依法查处阻碍动物防疫和防疫监督人员履行公务的行为，做好疫区社会治安和安全保卫工作。
州工商局：加强动物及其产品交易市场的管理，关闭疫区内活畜（禽）及其产品交易市场打击违法经营、贩运动物及其产品的行为；配合畜牧部门做好动物及其产品交易市场的防疫监督工作。
州卫生局：发生人畜共患病时，负责疫区内人员的疫情监测和预防工作。
州经贸委：负责重大动物疫情防治所需物资储备、调运，加强对畜（禽）屠宰、加工和冷藏的监督管理，严防疫区产品进入屠宰、加工、储存环节，禁止疫区产品进入市场。
州科技局：负责重大动物疫情应急控制技术储备，安排科研项目；组织技术力量联合攻关，解决技术难题，
州建设局、环保局：做好对疫区、疫点的消毒和污秽物品、污染物品的清理、消毒、销毁工作。
州纠风办：负责监督畜牧兽医行政执法部门做好动物防疫监督检查站的设置和执法工作。
伊犁出入境检验检疫局、霍尔果斯出入境检验检疫局：负责出入境动物及其产品的检疫工作，并及时向当地指挥部办公室通报有关情况。
其它相关部门：宣传、新闻单位要加强对各种媒体的管理，做好舆论导向；电信运营企业在保密的前提下及时传递动物疫情报告，并保证疫区的通信畅通；气象部门提供疫区及周边地区气象资料；保密、农业、林业、司法、外事等单位按照有关规定，落实各自的职责；中央、自治区、兵团、部队、海关、武警驻州各单位按照有关规定做好本系统的紧急疫情处理工作。
四、重大动物疫情报告、通报制度
（一）疫情报告程序。各县市动物防疫监督机构对动物疫情作出初步诊断后，应向同级人民政府和上一级动物防疫监督机构报告；县市人民政府接到报告后，要立即向州直重大动物疫病防治指挥部办公室报告；州直重大动物疫病防治指挥部办公室要在接到报告后，12小时内将疫情上报自治区重大动物疫病防治指挥部办公室。
