实施排污许可证分四个阶段：申请阶段、申请材料审核及现场检查阶段、发证阶段、证后管理阶段。
1、申请阶段：排污单位应自觉地在规定的期间内向环保部门提出申请并提交以下资料：⑴、填报《排放污染物许可证申请表》。⑵、经环保部门核定的排污申报登记材料。⑶、排污口规范化整治材料。⑷、县级以上人民政府核定的总量控制指标及削减措施文件。⑸、已实施总量控制指标和削减措施的完成情况，或者拟实施总量控制和削减措施。⑹、被责令限期治理的排污单位，还应提交经审核通过的治理方案；已经完成限期治理任务的，应提交环保部门的限期治理验收材料。⑺、新、扩、改建项目竣工环境保护验收材料。
2、申请材料审核及现场检查阶段：环保部门对各排污单位的申请材料进行审核，根据排污单位的申请材料，现场检查排污单位的生产设施和污染防治设施运行是否正常、排放筒、排放口是否规范、申报材料内容是否真实有效。
3、发证阶段：通过资料审查和现场检查，符合发证条件的，对各排污单位的允许排放量进行分配和核定，并在新闻媒体和本单位网站上对排污单位排污申报量、环保部门许可排放量进行公示，公示时间不少于7天，公示后无疑义的单位核发排污许可证。
具体工作进度要求：
⑴、对列入第一批重点实施排污许可证管理的单位于2006年5月31日前按照《
山西省排放污染物许可证管理办法》的规定如实提交申请资料完成申报，2006年8月31日前完成发放工作。⑵、对列入第二批重点实施排污许可证管理的单位于2006年8月31日前按照《
山西省排放污染物许可证管理办法》的规定提交申请资料完成申报，2006年11月15日前完成发放工作。⑶餐饮业、洗浴业、省级、市级、县级医院及民营医院等于2006年11月15日前按照《
山西省排放污染物许可证管理办法》的规定提交申请资料完成申报，2006年12月31日前完成发放工作。
4、证后管理阶段：对持临时排污许可证的排污单位，每月至少进行一次现场检查；对持有总量控制指标的排污许可证的排污单位，每季至少进行一次现场检查与监测（由市监测中心站及各县市环保局、各直属分局和三区环保部门监测机构实施）。
四、检查验收
