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企业性质的水管单位，按照产权清晰、权责明确、管理科学的原则逐步建立现代企业管理制度。多种投资来源的水利工程单位要建立健全股东大会或董事会、监事会和经理管理层等有效的法人治理结构，做到自主经营，安全生产，依法纳税，自负盈亏，可持续发展。水管单位负责人由企业董事会或上级机构依照相关规定聘任，其他管理人员及企业职工由水管单位择优聘用，并依法实行劳动合同制度，与职工签订劳动合同。要积极推行以岗位工资为主的基本工资制度，以岗定薪，工效挂钩，绩效领酬。
建立并执行管理人员持证上岗和岗位准入制度，具体办法由水行政主管部门会人事劳动部门制定。
2、规范水管单位的经营活动，严格资产管理。
由财政核拨的纯公益性水管事业单位在核定的财政资金足额到位的情况下，原则上不得从事经营性活动。
大中型和重要小型水利工程准公益性水管单位要在科学划分公益性和经营性资产的基础上，对内部承担防洪、排涝等公益职能部门和承担供水、发电及多种经营职能部门进行严格划分，将经营部门转制为水管单位下属企业，做到事企分开、财务独立核算。
准公益性水管事业单位在核定的财政资金足额到位情况下，原则上不得兴办与水利工程无关的多种经营项目。为安置富余人员而兴办多种经营项目，应以水利工程的水土资源开发利用为主，并实行事企分开，独立核算，在条件成熟时与水管单位脱钩。
加强国有水利资产监督管理，各级政府应当明确国有水利资产出资人代表。无论是纯公益性、准公益性的事业或企业性质的水管单位及上级行政主管部门，对其占有和使用的经营性或非经营性国有资产，负有监督保值增值责任。除国家特别规定外，应按规定实行社会中介机构、政府审计部门的审计，逐步建立、健全各类国有资产的考核制度，接受国有资产管理机构的监督管理。积极培育具有一定规模的国有或国有控股的企业集团，负责水利经济项目的投资和运营，承担国有资产的保值增值责任。
3、积极推行管养分离。
纯公益性、准公益性水管事业单位在工程养护维修经费确保到位的情况下，按照水利工程的性质和相关维修养护标准，积极推行水利工程管理与维修养护分离，精简管理机构，提高维修养护水平，降低运行成本。
在对水管单位规范定岗和核定管理人员编制的基础上，将水利工程维修养护业务和养护人员从水管单位剥离出来，独立或联合组建专业化的维修养护企业。随着改革的深入和维修养护企业的发育成熟，逐步通过招标方式择优确定维修养护企业。
各地根据实际情况，争取用5年时间分步推行管养分离。第一步，在水管单位内部将运行管理与维修养护业务、人员、经费分离，实行内部合同管理；第二步，组建维修养护公司，实行内部独立核算；第三步，将维修养护公司与所属水管单位彻底脱钩，水管单位通过招标方式择优确定维修养护企业，使水利工程维修养护社会化、市场化和专业化。为确保水利工程管养分离的顺利进行，各县（市、区）财政部门要保证经核定的水利工程维修养护资金足额拨付到位。各县（市、区）人民政府、水行政主管部门和有关部门应当努力创造条件，培育维修养护市场，规范维修养护市场环境。管养分离的改革，要在试点的基础上，积累经验，逐步推行。
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