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市发展和改革委：将公共卫生体系建设纳入国民经济和社会发展规划，负责安排加强疾病预防控制机构、卫生监督执法机构、医疗救治机构和信息报告网络的建设，提高对突发公共卫生事件的应急处理能力。
市经委：负责生产、生活必需物资的调动，特别是药品、消毒剂、医疗器械和防护设施等物资的生产、调动和储备，保证突发事件应急处理工作的需要。
市教育局：负责学校、托幼机构的突发事件应急处理工作。
市公安局：负责加强疫区社会治安管理和安全保卫工作，搞好交通疏导，保障突发事件应急处理车辆、人员的迅速抵达；对突发事件应急处理中不予配合的人员，依法协助采取强制措施；打击扰乱市场经济秩序的违法犯罪活动。
市民政局：负责政府救济物资和社会捐助款物的发放工作；筹集社会低保人口中突发事件患者的医疗费用。
市财政局：负责突发事件应急处理资金的筹集和所需物资设备的政府采购，为突发事件应急处理提供财力支持。
市劳动和社会保障局：负责农民工流入流出的登记、信息反馈；核报参加医疗保险人口中突发事件患者的医疗费用支付。
市水务局：负责生活饮用水的卫生消毒工作。
市建设局：负责建筑施工场所的突发事件应急处理工作，做好施工农民工的登记和排查工作。
市交通局：负责各种机动车辆的卫生检疫和本系统的突发事件应急处理工作；对车站和候车室定期进行消毒，对乘务员和乘客开展预防知识的宣传；发生烈急性传染病疫情后，要在交通车站设立检疫站和留验站。
市农林局：负责农村地区突发公共卫生事件的应急处理工作，负责外出返乡人员的统计、管理，做好动物检疫等工作。
市工商局：负责市场稽查，确保人民生活生产必需品，特别是突发事件应急处理物资的正常供给和市场秩序。
市食品药品监督局：负责药品、医疗器械等的储备、供应、调拨和监督，保证突发公共卫生事件应急处理的需要。
市物价局：负责市场商品价格的监督检查，维护市场的物价稳定。
市旅游局：负责旅游区域及单位的突发事件应急处理工作，及时发布相关信息，引导旅游人群的合理流动。
嘉峪关车务段：负责列车卫生检疫和本系统的突发公共卫生事件应急处理工作，对车站环境和候车室定期进行消毒，开展对乘务人员和乘客的预防知识的宣传；发生烈急性传染病疫情后，要在往来重点疫区的列车上加派检疫人员，在铁路站点设立检疫站和留验站。
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