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1、实行分工负责，分类清理。凡政府投资建设的项目，由发改委、财政局从财政预算中划拨专项资金偿还拖欠的工程款，发改委负责监督建设单位履行还款责任。房地产开发项目拖欠的工程款，由房管局负责监督其履行还款责任。其他社会投资拖欠的工程款，由建设局负责监督建设单位履行还款责任。实行行政责任追究制度，凡不认真履行监督责任或监督不力的，严肃追究其主管领导的责任。
2、对于已经竣工验收、尚未进行结算的工程项目，建设单位必须在规定期限内进行结算，并制定还款计划。对工程竣工后支付工程款达不到合同约定数额且合同双方又无清偿协议的，不予办理工程竣工验收备案手续。逾期仍未结算的，建设单位可委托仲裁机构进行仲裁，或由甲乙双方通过仲裁、法律诉讼等方式解决。
3、切实加大对恶意拖欠行为的处罚力度。对拒不配合清欠工作或采取种种方法逃避还款责任的建设单位，除向社会公开曝光外，发展改革、建设、房地产等行政主管部门不予审批新建项目，不办理规划、施工许可，降低或取消企业资质等行政措施，切实加大处罚力度，督促其履行还款责任。对拒不配合清欠工作的政府部门，要追究相应的行政责任。
（二）抓好源头治理，防止出现新的拖欠工程款
1、严格项目审批管理。建设工程立项时，发改委对建设项目资金来源、筹措方式严格审查。建设工期不足一年的，到位资金不得少于工程合同价的80％；建设工期超过一年的，到位资金不得少于工程合同价的60％。建设单位应提供由银行或财政部门出具的资金落实情况证明，资金不落实的不得批准立项。
2、严格招标投标管理。对于旧欠没有还清的建设单位，一律停止其新项目的招投标。招投标过程中，任何建设单位不得以强制施工企业垫资施工作为招标条件，施工企业不得以垫资施工作为竞争手段承揽工程。施工企业拖欠农民工工资得不到有效解决的，不得参加新项目的招投标。
3、加强对工程款支付方式的管理。为防止事实上的垫资行为和形成拖欠工程款，建设单位和施工单位在签订合同时，应明确工程款支付方式：工程基础部分交工后，应支付不低于20％的工程款；对于多层建筑，每完成一层，应支付10％的工程款；主体全部完工后，应支付不低于80％的工程款；达到竣工验收条件后，应支付95％的工程款；工程验收合格后，应支付除保修金外的全部工程款。保修金不得高于工程造价的5％。
4、强化合同履约和监督管理。建设单位和施工企业应当在规定时间内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得再行订立背离合同实质性内容（包括价款及支付方式）的其它协议，合同应实行备案制度，建设行政主管部门应加强对合同和承诺内容履约的监督管理。
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