市水利局：负责太湖蓝藻应急处理工作的总体协调，负责指挥部办公室的日常工作。负责牵头制订各类专项应急预案；做好太湖、梅梁湖调水工作和沿太湖水闸、环蠡湖水闸控制运行工作。
市农林局：负责制订蓝藻打捞方案并组织实施。同时做好蓝藻打捞后的处理工作，避免二次污染。
市园林局：在鼋头渚风景区至大箕山设置拦截蓝藻设施，减少太湖蓝藻在鼋头渚景观区的集聚。
市蠡湖办：严防死守，确保蠡湖不暴发蓝藻；牵头研究蠡湖水的现状、变化趋势和未来走向。
市市政公用事业局：最大限度地进行截污，及早研究和落实太湖供水保护与用水安全；加强锡东水厂、贡湖水厂等水源地保护，逐步关闭梅园水厂和小湾里水厂。
市科技局：总结“863”计划在蠡湖治理中的成功经验，并积极运用到太湖水污染防治工作中去；加强研究科学有效防治太湖水污染的措施；与市环保局一起，组建太湖水污染防治专家委员会。
市经贸委：联合市环保局对古运河、太湖周边排污企业开展联合执法，严格控制污染排放；结合水污染治理，优化工业结构调整和企业搬迁方案，加快沿湖、沿河污染企业搬迁步伐。
市财政局：负责安排好太湖蓝藻防治资金，做好资金落实保障工作。
三、应急措施
梅梁湖蓝藻水华主要由其他湖区蓝藻随风和湖流集聚而来，加上梅梁湖内蓝藻自身生长而形成。解决蓝藻问题根本上要靠水质的改善，同时为了减小太湖蓝藻对我市形象和旅游业的影响，根据梅梁湖蓝藻形成的特点及相对成熟的办法，主要采取以下应急措施：
（一）建立太湖水环境质量预测、预警、预报工作机制，组建太湖水污染防治专家委员会，提供技术支撑。由市环保局负责实施。详见市环保局制定的《太湖梅梁湖藻类水华预警工作方案》。
（二）实施引江济太和梅梁湖泵站调水，严格沿太湖水闸控制运行，遏制太湖蓝藻进一步暴发。由市水利局负责实施。详见市水利局制定的《太湖梅梁湖蓝藻防治调水工作方案》。
（三）不间断地打捞集聚在岸边水域浓稠的蓝藻，减少蓝藻数量，减轻蓝藻危害，妥善处理打捞后的蓝藻。由市农林局负责实施。详见市农林局制定的《太湖梅梁湖蓝藻人工打捞工作方案》。
（四）把外太湖蓝藻阻隔在沿湖景观区外，设置蓝藻拦截设施，减少蓝藻在岸边集聚数量。由市园林局负责实施。详见市园林局制定的《太湖蓝藻拦截工作方案》。
