年度复核由各级卫生行政部门结合食品卫生监督量化分级管理制度对食品生产经营单位主动进行，并在卫生许可证右上角贴上当年度等级标志。经年度复核不符合要求的，应责令整改；经整改后仍然达不到要求的或拒不整改的，不予复核并依法进行处罚，情节严重的，吊销卫生许可证。
2、委托生产加工食品的卫生许可管理工作：委托生产加工食品的，委托方和受委托方均应取得卫生许可证，且受委托方应符合食品卫生监督量化分级A级的卫生条件，其生产的产品品种应在许可范围内，委托加工合同必须通过公证，并明确双方食品卫生的责任及责任期限。受委托生产加工单位不得再次委托其他单位生产加工该食品或将某一个生产过程再委托其他单位加工。委托单位从事该食品部分生产过程的，其生产过程及管理应符合相应卫生要求。
在卫生许可证的申请中，以委托方为申请者，委托方的卫生许可证许可范围中应标注××食品委托生产加工（委托×企业生产），其卫生许可证号按新证编号；受委托方的卫生许可证许可范围应标注××食品受委托生产加工（受××企业委托生产），保留原卫生许可证号。委托生产加工的食品，其产品包装、标签和说明书应按《办法》要求明确标识。
3、卫生许可证编码格式及许可范围要求：卫生许可证编码按《办法》规定执行，申请人有食品添加剂、保健食品或新资源食品生产并有其他普通食品生产经营类别的，卫生许可证编码按高类别审批权限的卫生行政部门发证顺序编码。申请人同时生产经营不同类别普通食品的，AA编号代码应选择食品生产经营的主业编号代码。
卫生许可证许可范围参考《办法》附件3的“食品生产经营方式及范围分类”填写，填写方式为种类和生产经营方式，如冷冻饮品、植物饮料类生产加工，冷冻食品、冷饮批发经营，中餐、卤菜和点心、小吃、冷饮餐饮服务。
《办法》附件3“食品生产经营方式及范围分类”中生产加工类的乳与乳制品范围中的“消毒乳、混合消毒乳、奶粉（全脂、脱脂和加糖）”，现统一调整使用国家标准中的规范用语，即为“巴氏杀菌乳、灭菌乳、奶粉（全脂、脱脂、全脂加糖和调味）”。
四、强化证后监督，建立动态管理机制。
各级卫生行政部门要根据发放卫生许可证情况认真做好食品生产经营者监管档案管理，通过多种形式加强对发证单位的监管。同时，要在当地政府的统一领导下，与工商、质监、教育等部门建立良好的联系机制，及时沟通信息，进一步形成良好的食品卫生监管合力。
