依法查处土地违法案件是各级国土资源管理部门的法定职责，“一把手”是第一责任人，各级国土资源管理部门要直接立案查处土地违法案件。对有案不查的，要依据《
土地管理法》有关规定追究有关领导的责任。对土地违法行为多发且查处不力，或者因征地补偿安置工作不到位等引发重大群体性事件的地区，要限期整改。
三、查处工作的基本原则
（一）对所有的违法违规用地，除国家和省的重点建设项目以外，按照分级管理的权限，以各地自查自纠处理为主，由当地政府向违法用地单位发出整改通知书。
（二）各地不得隐瞒本地区所存在的问题和违法违规用地情况。对每一宗土地违法行为，都必须有具体的处理意见。
（三）各地的违法案件原则上由当地处理，处理结果报上一级国土资源部门备案。凡检查发现处理不到位、影响验收的，按有关规定追究有关领导责任。
四、落实各项整改和查处措施
（一）凡可以恢复原状的违法违规用地，责令其限期复耕复种，恢复原用途。已恢复原用途并经同级国土、林业、农业等部门验收合格的，可从轻处理。
（二）对符合土地利用总体规划和建设用地办理条件、并已落实补偿的违法用地，经行政处罚补交有关税费后，可完善建设用地手续。
（三）对不符合土地利用总体规划、但涉及重点项目和区域布局的项目，要结合土地利用总体规划修编工作，迅速组织局部规划调整并报批，以进一步完善用地手续；凡涉及占用农保区的，在上级未有批复同意我市作土地利用规划调整前，原则上要按原貌恢复，确不能按原貌恢复的，复耕复种要种植经济作物，原则上不能种树木。各地的农保区面积不能减少，质量不能下降。
（四）对土地违法案件的行政处罚，要严格按照《土地管理实施条例》有关标准和规定执行。除基础设施、已建成区和属省、市、区重大项目外，其他在非法占用土地上修建的建筑物原则上拆除或没收。
（五）对情节严重，并有以下情形之一的，必须移送纪检监察部门追究有关人员的行政责任，构成犯罪的要追究刑事责任：
一是严重违反国家宏观调控政策供地以及违法开发土地，又拒不纠正的；二是对占用耕地特别是基本农田，又拒不整改复耕或者验收不合标准，造成耕地或农保区面积减少的；三是对低价非法征收土地，又不兑现征地补偿，严重侵害农民利益，引发群体性突发事件造成社会不稳定因素的；四是对超越批准权限批地、非法炒卖土地导致国家或集体利益遭受重大损失的。
