具体分阶段目标为：在2010年前，建成航道干支畅通、港口功能齐全、船舶结构合理、支持保障有力、市场规范有序，与其他运输方式协调发展的内河水运体系，全市港口货物吞吐能力达到1.25亿吨、集装箱160万标箱、汽车滚装140万辆，船舶运力达到500万载重吨，货运量达到1亿吨，各项主要指标实现在“十五”的基础上翻一番的目标，基本建成长江上游航运中心；2020年实现全市水运现代化。
二、突出发展重点，明确“十一五”时期的建设任务
（四）构建干支畅通的航道体系
全面构建长江及嘉陵江、乌江“一干两支”的高等级航道骨架，高等级航道达28%，长江干线航道常年可通行3000吨级船舶和万吨级船队、嘉陵江和乌江通行千吨级船舶，大力开发大宁河、小江等支流航道。改善航道里程约1760公里，四级及以上航道里程将达1326公里。
（五）建设功能齐全的港口群
集中力量抓好主城、万州、涪陵3个枢纽和江津、永川、合川、奉节、武隆5个重点港区的码头建设，加快推进集装箱、汽车滚装、大宗散货、危化品等专业化运输基础设施和主要景区旅游客运码头的建设。计划启动建设项目35个，新增或改建货运泊位102个，新增货运通过能力约6000万吨。规划建设好公路、铁路与港口码头的连接线，确保水运与其他运输方式间衔接顺畅。
（六）打造结构合理的船舶运力
重点发展集装箱、危化品、滚装、豪华游轮和游艇，实现货运船舶标准化、大型化、专业化，长江干线跨省货运船舶平均吨位达到1500吨以上。全面完成客渡船的升级改造等，船舶标准化运力率达90%以上，新增船舶运力200万吨，发展载重吨为3000―5000吨的主力船型，改造及拆解老旧船舶3600余艘，船舶总运力达到500万载重吨。
（七）完善安全及支持保障系统
重点建设三峡库区及其主要支流嘉陵江、乌江、大宁河等重点航区的航行标志、信号标志、船岸通信等助航设施，逐步实行分边航行。提高水路交通信息化程度，主要建设“一个平台四个系统”，即建成重庆市水上安全管理、监控调度和救助指挥综合平台，水上应急搜救系统、船舶交通管理系统、航运信息系统和船舶防污染系统，确保水上安全、管理规范有序。
（八）建立规范有序的运输市场
发展多式联运和水运市场运输信息技术，开拓现代物流市场。健全水运市场监管机制，完善水运市场交易体系，培育一批现代水运代理企业，实现货源与运能的最佳配置。大力推进水运企业改革，建立现代企业制度，实现水运企业集约化、专业化、规模化、信息化经营，形成统一开放、竞争有序的水运市场。
