（一）学习培训缺乏深度广度。从检查情况看，执法任务大的部门好于执法任务小的部门，垂直管理部门好于地方管理的部门，市、县两级相对较差。大多数县级政府的领导忙于事务，没有很好地坐下来学习
行政许可法。一些部门从事行政许可工作的同志没有进行过系统培训，对本部门的行政许可工作一知半解，不清楚办理行政许可的具体程序，搞不清行政许可与行政审批、行政许可与非许可审批的区别等。管理相对人对
行政许可法不熟悉，容易对工作人员的正常行为产生误解，不利于依法保护合法权益和对行政机关实施监督。法律培训内容过于原则，不利于许可人员的实际应用和业务水平的提高。
（二）配套制度不够健全。有的制度已建立，但内容不够科学，缺乏可操作性。多数部门建立了七项一般制度，尚未健全四项特别制度。个别部门制度虽建了，但没有下发本系统执行，执法人员无所遵循，未能形成按制度办事、靠制度管人的有效机制。
（三）实施主体不够明确。省政府公布保留的830项行政许可项目中，实施主体有的为“县级以上××主管部门”，未明确是省、设区市还是县级部门，如承德市双桥区的卫生许可（食品生产卫生许可、公共场所卫生许可、医疗机构设置及执业许可等）项目，实施主体为县（区）级以上卫生行政主管部门，导致市卫生局和区卫生局同时实施同一项许可项目，造成了重复审批。
（四）审批大厅运行质量效率有待提高。部分行政服务中心、审批大厅没有常设机构、人员不固定、管理不到位。有的审批人员素质偏低，甚至不知道本部门审批的依据是什么，对申请人的咨询解释不清楚。有的部门将审批大厅作为“收发室”，受理了许可申请还要拿回机关审核、盖章，存在审批事项体外循环问题，形成了审批工作两套人马。个别大厅对集中办理、联合办理研究不够，管理松散，缺乏协调，影响了审批质量和效率。个别省直部门尚未建立“审批窗口”，申请人办理行政许可仍分别跑不同处（室）逐个审批，程序复杂、办事效率低。
（五）擅自增加审批环节。有的省直部门为防止或减少不符合条件而被许可问题的发生，要求设区市、县（市）部门审核、盖章后才予以受理，实际是增设了审批环节，延长了许可时限，增加了许可申请人的负担。
（六）实施程序尚不规范。一是存在超期限许可问题。行政机关在许可期限内不能作出决定的，没有形成书面通知书将延期理由告知申请人。二是个别程序颠倒顺序。如邯郸市环保局的案卷发证在前，审批在后；建设局的案卷送达行政许可证在前，形成许可决定在后。三是没有履行法定程序。如峰峰矿区环保局、工商局的案卷没有行政许可决定书；省无线电管理局没有许可申请书格式文本；张家口市环保局的案卷缺少行政许可申请书、受理通知书及送达回执。四是印章使用不够统一规范，不少部门和单位未加盖本行政机关印章，而使用的是业务机构印章或行政许可专用章。
（七）案卷内容不完备。一是行政机关的审核意见内容不完整，不能系统地反映作出行政许可决定前的有关情况。二是没有受理申请书、送达行政许可回执或回执无许可申请人签名，不能完整地反映行政许可的前因后果。三是通过招标、拍卖等方式作出的行政许可决定，对参加投标的其他投标人有关资料案卷均没有记载。四是多数案卷格式不够统一，无项目名称，无设定依据，无卷号、目录、页码，案卷材料不全、顺序颠倒，未能做到一事一卷。
