以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，落实科学发展观，贯彻国家“自主创新，重点跨越，支撑发展，引领未来”的科技发展指导方针，坚持实施科教兴省战略和人才强省战略。以支撑全省经济社会发展和建设创新型甘肃为根本目标，坚定地把提高自主创新能力作为调整产业结构、转变经济增长方式、增强区域竞争力的中心环节，坚持以应用为导向的自主创新，扩大开放合作，寻求重点突破，实现支撑发展。
按照《纲要》确定的五项原则，即坚持科技体制改革与创新体系建设相结合，突出政府主导和企业主体作用；坚持提高以应用为导向的自主创新能力与支撑经济社会发展并重，大力培育集成创新和引进消化吸收再创新能力；坚持突出重点，努力实现跨越发展；坚持技术创新与制度创新相结合，加强制度环境建设和科学管理；坚持科技创新与科学普及相结合，加强创新文化建设。“十一五”时期突出以下重点：
--突出以应用为导向的自主创新发展主题，把自主创新贯穿于经济社会发展的各个方面。统筹全社会的科技资源，充分发挥科技对经济社会的支撑作用。统筹科技发展和科技体制改革，充分发挥好政府与市场两个方面的资源配置作用。统筹各类科技项目、人才、基地的科学部署和合理安排，大幅度提高科技资源的效能和效应。
--突出提高自主创新能力。提升对发展瓶颈的突破能力，提升产业的核心竞争能力，提升科技服务能力，提升科技持续创新能力，为实现《纲要》目标奠定科技体制基础、科技条件基础及科技人才基础。
--突出优势领域的自主创新重点。围绕《纲要》确定的重点领域、优先项目主题和重大专项，找准切入点和突破口，部署实施一批重大、关键科技项目，实现局部技术突破和跨越。
--突出建立有利于自主创新的新体制和新机制。深化科技体制改革，促进科技政策与经济政策的有效衔接，加快建设以企业为主体、市场为导向、产学研结合的技术创新体系，优化投入结构，建立开放合作、竞争有序的新机制。
--突出有利于自主创新的科技管理体制改革。转变政府职能，加强宏观管理，强化制度建设，构建符合社会主义市场经济体制和科技发展要求的“权责明确、定位清晰、结构合理、运行高效”的科技计划体系和“公正、公开、规范、高效”的科技管理体系。
（二）发展目标
按照《纲要》提出的发展目标，“十一五”时期阶段发展目标是：自主创新能力明显提高，取得一批具有重要影响的科技成果。科技促进经济社会发展的能力明显增强，科技资源进一步优化，初步建成甘肃技术创新体系。综合科技进步水平明显提高，初步实现由主要依赖资源向主要依靠科技创新推动经济社会发展的战略性转变。
--石油化工、冶金、有色等领域的产业技术水平进入国家先进行列，有色、化工等优势领域的新材料技术达到国内先进水平。
--生物制药及中（藏）药产业发展和关键技术取得重大突破。
--高新技术取得较快发展，高技术产业增加值占工业增加值的比重达到6％以上。
--农业科技自主创新能力、转化应用能力、综合生产能力明显提高，初步建立起新型农村科技服务体系。草畜、特色优势产品的种植及加工技术水平显著提升。
--水资源高效合理利用、荒漠化治理、水土流失治理技术等取得较大进展，科学技术对缓解生态恶化趋势发挥明显作用。
