12.地质灾害频繁发生。由于人为活动的影响，秦岭特殊地质结构形成的滑坡、泥石流灾害多见，河床抬高和水库淤积现象常常引发洪涝灾害。
13．水生态环境失衡。由于涵养水源能力降低，河水暴涨暴落，径流变化波动加大，水体总量减少，季节性河流增多。
14.生物多样性遭到破坏。由于森林林分变差，秦岭的浅山、丘陵地带难以寻觅到大型动物踪迹，一些林下植物无法正常生存，天麻、杜仲等野生药用植物数量减少。珍稀物种濒危度加剧，秦岭地区华南虎几乎绝迹，林麝、云豹、大鲵种群数量明显减少。
15.矿产资源开发带来的环境污染与生态破坏日趋严重。据统计，陕南目前仍有矿山企业约750家，年产矿石量超过1000万吨。无证勘查开采、乱采滥挖、粗放经营、浪费资源现象依然存在，对局部地区造成严重的环境污染和生态破坏。
三、保护的基本原则和目标
（一）基本原则。
16.坚持保护优先、预防为主、防治结合的原则，对秦岭生态环境实施全面保护。其中，对秦岭生态功能良好的区域，实行严格的保护措施，防止造成新的破坏；对生态功能遭受一般性破坏的区域，要采取封禁为主的保护措施，使之逐步恢复；对生态功能遭受严重破坏的区域，要采取人工重建、技术处理等修复措施，使之基本上与周边环境相匹配。
坚持分区管理、分类指导、突出主功能、兼顾辅助功能的原则。根据秦岭生态功能区的特点，突出涵养水源和维持生物多样性的主导功能，兼顾水土保持的辅助功能，尽可能地消除人类活动对重要生态功能区的破坏，达到维护秦岭生态功能的目的。
坚持统筹规划、综合决策、合理开发的原则，正确处理资源开发与环境保护的关系，在开发与建设中，要充分考虑生态环境的承载能力，遵循生态经济规律和生态功能区划原则，实现环境与经济协调发展。
（二）保护目标。
17.通过加强秦岭生态功能区的保护与建设，使该地区的生态环境得到良好的保护、恢复和重建，促进自然资源的科学合理利用，实现秦岭地区生态环境的良性循环和健康发展，维护陕西乃至国家生态安全，保障国民经济和社会的可持续发展。
2015年以前，全面遏制秦岭地区环境破坏的趋势。制止一切破坏秦岭生态环境的活动，严禁滥采和偷猎行为，对天然林实行禁伐。对25度以上的坡地实行退耕， 30%的缓坡地要实现梯田化，30%的无林草宜林地要实施植树造林，控制水土流失。加快矿区复垦，完善自然保护区、生态示范区建设体系。空气环境达到一、二级标准，地表水质量达到功能区划水质要求。完成秦岭生态功能区信息系统建设，健全秦岭生态功能区监督管理体系。
